上海海事大学交通运输学院是全国高校最早创建交通运输类专业的学院之一，开创了新中国航运管理人才培养的先河。学院前身是建于1950年的大连海运学院海运管理系和建于1952年的武汉水运工程学院的航运系。1962年和1963年经交通部专业调整，大连海运学院、武汉水运工程学院两院的水运管理专业整体调入上海市，组建成上海海事大学水运管理系，时为国内唯一的航运管理类专业。学院现拥有交通运输规划与管理博士学位授予权，交通运输工程、交通运输规划与管理2个硕士点，国际航运与物流、物流工程与管理2个中外合作研究生培养项目，交通运输、航运管理、物流管理、交通工程4个本科专业。交通管理（航运管理）、物流管理专业为国家级特色专业，交通运输类专业为国家重点（培育）学科。

2018年10月26日，被教育部遴选为首批“三全食品育人”综合改革试点院（系）之一。

1950年，东北航海专科学校成立航务管理科。

1951年，东北航海专科学校更名为东北航海学院，设航运管理系。

1952年，中南交通学院航运系设水运管理专业。

1953年，东北航海学院更名为大连海运学院，设海运管理系。

1954年，中南交通学院更名为武汉河运学院，设航运系。

1957年，武汉河运学院更名为武汉水运工程学院，设水运管理系。

1958年，武汉水运工程学院举办远洋运输业务专业。

1962年，上海海事大学设海运管理系，后更名为水运管理系。

1962年和1963年，交通部专业调整，大连海运学院、武汉水运工程学院的水运管理相关专业调入上海市，组建成上海海运学院水运管理系。

1962 年，上海海运学院在航海系筹建远洋运输业务专业，后转入水运经济系。

1965年，远洋运输专业从水运经济系分出成立远洋运输业务系（中国国航系前身）。

1978年，水运经济管理、水运财务会计两个专业恢复，并招收4年制本科生，隶属远洋运输系。

1979年，水运经济管理专业名称改为水运经济专业。

1980年，水运管理系建立。水运经济、水运财务会计两个专业隶属该系。

1993年，水运经济系更名为国际经济贸易系。

1991年，水运管理系、国际航运系、水运经济系组建管理学院。

1994年，财务与会计学系建立。

2000年9月，管理学院管理系设港口航道与海岸工程专业。

2001年9月，管理学院管理系设船舶与海洋工程专业。同年12月，管理学院分拆，交通运输学院成立，下设管理系、中国国航系、法律系；国际经济贸易系、财务与会计学系成立经济管理学院。

2008年，法律系整体划出组建法学院；港口航道与海岸工程、船舶与海洋工程专业组建海洋环境与工程学院(2013年改为海洋科学与工程学院)；学院新增设交通工程系。

交通运输、国际航运管理为学校的特色专业。1986年交通运输、国际航运专业被列为上海市重点专业，1988年交通运输规划与管理被列为交通部重点学科。交通运输规划与管理学科于2007年和2008年先后被国家教育部和上海市教委批准为国家重点（培育）学科和上海市教委重点学科。航运管理、物流 管理被列为国家特色专业。2008年物流管理及航运管理专业两个特色专业获上海市本科教育高地建设项目资助专业。交通运输学院现拥有交通运输规划与管理博士学位授予权，在校博士生达20余名；交通运输工程与交通运输规划与管理2个硕士点，国际航运与物流工程与物流工程与管理2个中外合作研究生培养项目，共培养在读硕士研究生500余名；交通运输、航运管理、物流管理、交通工程四个本科专业，在读学生2000余人。“国际航运管理”课程获国家级精品课程，“仓储与配送”课程获上海市精品课程。“物流管理”与“航运管理”专业均为国家级特色专业建设点。

上海海事大学交通运输学院作为全国最早创立交通运输工程专业及第一批硕士点院校之一，积累了半个多世纪的人才培养与学科研究的丰厚经验，逐步发展成为我国从事交通运输（水运管理）专业教学与研究的主要基地。

学院学科体系完整，人才培养层次齐全，在校全日制研究生300人，本科生2400人。其中交通运输规划与管理学科于2007年和2008年先后被国家教育部和上海市批准为国家重点（培育）学科和上海市重点学科。物流管理、航运管理专业为国家级特色专业，交通运输、航运管理、物流管理被列为上海市本科教育高地。

2018年10月26日，被教育部遴选为首批“三全食品育人”综合改革试点院（系）之一。

学院拥有一支结构合理的师资队伍，共有专任教师67名，特聘东方学者2人，教授14人（含博导5人），副教授25人。教师中已具有博士学位和正在攻读博士学位的人数占学院教师总数的72%。

学院大力开展科学研究，重视企校合作，建有虚拟现实实验室、水运系统决策技术与评价重点实验室、现代港口综合实验室、数字物流实验中心实验室、码头自动化控制实验室、交通工程实验室、FFA实验室等科研平台，科研成果丰硕。

学院早在1983年就与亚太经社会合作培养航运研究生班，近年又与世界海事大学、西澳大利亚大学合作培养研究生，与中西非地区海事大学合作开办物流管理本科专业，与香港理工大学、美国麻省海运学院、仁荷大学建立互换学者及学生的交流机制。

学院招生包括交通管理（航运管理）、交通运输大类和物流管理三个本科专业，其中交通管理（航运管理）为文理兼收专业，交通运输类和物流管理为理工科专业。

交通管理专业

交通管理（航运管理）专业为国家级特色专业、上海市本科教育高地，旨在培养精通国际航运商务、国际航运经营管理知识，熟悉国际贸易与国际运输实务，英语水平高，具有海内外独立工作能力的国际航运、综合物流等相关企事业单位及政府行政部门、科研院所、国际组织所急需的高级航运管理人才。交通管理（航运管理）专业2015年录取平均分排名我校第一，调剂率为0，文史类录取最高分数平均超27个省市一本分数线44.15分，理工类录取最高分数平均超27个省市一本分数线62.59分，全国开设此专业的仅有上海海事大学、大连海事大学、中国民用航空飞行学院、重庆交通大学和山东交通学院5所高校，特色显明，我校交通管理（航运管理）专业在5所高校中录取分数排名第二。

交通运输专业

交通运输类专业包含交通运输和交通工程两个专业，其中交通运输专业是我校1959年恢复办校后开办的第一批专业（原水运管理专业），先后被列为上海市重点专业、交通部重点学科、国家重点（培育）学科、上海市本科教育高地项目、上海市“085工程”重点建设专业、上海市“专业综合改革试点”项目和教育部地方高校第一批本科专业综合改革试点专业。该专业作为上海海事大学的传统优势专业，经过大半个世纪的积淀与传承，现已发展成为从学士到博士、再到博士后科研流动站等完整的人才培养体系，长期以来培养了大批港口、航运、物流等在内的交通运输相关工程技术领域管理和实践等方面的人才，取得了国际同行、航运业界的广泛认可，在我国港口和航运领域以及上海国际航运中心和中国（上海）自由贸易试验区建设和发展中发挥着巨大的作用。

物流管理专业

物流管理专业为国家级特色专业、上海市本科教育高地，旨在培养掌握多领域的专业知识，熟练掌握国际物流知识、物流组织管理和工程技术，拥有较强实践能力的综合物流管理人才。物流管理专业2015年录取平均分排名我校第四，调剂率为0，理工类录取最高分数平均超27个省市一本分数线47.63分。