南京审计大学审计科学研究院成立于2014年，由现代审计发展研究中心、中国内部审计发展研究中心和公共绩效评估研究院等多个科研机构合并而成。

2014年，随着南京审计大学启动"三次创业"的新征程，该校对校内的科研资源进行了整合，成立了审计科学研究院。该研究院的成立旨在推动审计学科的发展，其领导团队包括执行院长郑石桥教授，以及多位在审计领域具有丰富经验的副院长，如审计信息化专家陈伟教授、内部控制专家池国华教授等。

南京审计大学审计科学研究院的工作规划围绕着"五个一"展开，具体包括：

致力于深入研究审计的基础理论，尤其是政府审计领域的理论，以突出南京审计大学学派的独特性。

定期发布《中国审计发展报告》，旨在打造一个对中国政府审计产生重要影响的知识库。

出版以书代刊的《中国审计评论》，计划每年发行两期，以此建立一个在中国审计学术界具有显著地位的研究平台。

计划翻译并推出一系列审计作品，从而构建一个审计译丛系列。

通过向校内外开放，接纳访问学者和研究人员，建立起一个能够产生深远影响的学术交流平台。