早在战国时代的法律著作《商君书·定分》中，记载：“天子置三法官。”这就是后世“三法司”之称的来源，自
隋朝实行三省六部开始，所有官府衙门都被设计成三门六扇，“六扇门”就慢慢地成了官府衙门的代称。明初，以刑部、都察院、大理寺组成的三法司，形成了以刑部为主的审案流程，刑部代替了大理寺，掌管主要的审判业务。自洪武元年（1368年）被
朱元璋初置之时，就已具备了“掌天下刑名及徒隶、勾覆、关禁之政令”的职能。
在中国古代，官府衙门的建筑在施工设计时都要受到法律和礼法的严格限制，无论是多大的官府，其衙门正大门都只能是三
开间（两根柱子之间的横向空间为一开间），每一开间安设两扇黑漆木门，一共有六扇门，所以那时候的官府衙门都被俗称为“六扇门”。
早在战国时代的法律著作《商君书·定分》中，记载：“天子置三法官，殿中置一法官，
御史置一法官及吏，
丞相置一法官。”这就是后世“三法司”之称的来源，也是在律法刑狱体系中三权分立的早期体现。明初，以刑部、都察院、大理寺组成的三法司，形成了以刑部为主的审案流程，刑部代替了大理寺，掌管主要的审判业务。自洪武元年（1368年）被
朱元璋初置之时，就已具备了“掌天下刑名及徒隶、勾覆、关禁之政令”的职能，“掌天下刑名”所指的，就是前代由大理寺所掌控的律法制度。刑部在明初三法司中权力较大，从抓押缉捕走到定罪可以独立完成。同时，刑部下辖十三个清吏司，均设正五品郎中一人、从五品
员外郎一人、正六品
主事二人，分别掌管十三省及兼管所分京府、直隶等衙门的刑名，从中央到地方总揽全国的刑罚之事。而大理寺在明初则成为慎刑机关，刑罚方面的权力小了不少，大理寺负责“审平反刑狱之政令”，也就是主要管理对冤案、错案的驳正以及平反。都察院则是与
六部处于平级的关系，设有正二品左、右
都御史各一人、正三品左右副都御史各一人、正四品左右
佥都御史各一人，左都御史是都察院的最高长官。
洪武十五年（1382年），为了更好处理牵涉重要官员的重大案件，保证司法的公平，
朱元璋将定罪权从
锦衣卫身上剥离，议定三法司联合审理的流程，形成了明朝常见于史籍中的“三司会审”制度。
据民间传说记载，
唐朝时君主就命令刑部建立“六扇门”秘密基地，挑选一些优质敏捷的少年，为除去绿林势力和各种豪强士族做准备。后来随着朝廷逐渐走上正轨，中央集权的加强，渐渐地这种秘密组织就被取缔了。后在宋代时，六扇门又得到恢复，六扇门中的人大都游走于江湖与朝廷两边。等到了明朝万历年间，六扇门变得“正大光明”起来，虽然仍属于秘密组织，但是属于朝廷之官，在社会上拥有一定的威望和地位。
自
隋朝实行三省六部开始，所有官府衙门都被设计成三门六扇，“六扇门”就慢慢地成了官府衙门的代称。既然是官府衙门，那必然需要审理民间发生的各种纠纷和案件，于是“六扇门”也逐渐成了朝廷三法司衙门的合称。
三法司，明清时分别指刑部、大理院和都察院，元代指大宗正府、刑部和宣政院，宋代指大理寺、刑部和御史台，
唐朝只有大理寺和刑部。再往上追溯到汉代，是指廷尉、御史中丞和司隶校尉。秦代《商君书·定分》中曰：“天子置三法官，殿中置一法官，御史置一法官及吏，丞相置一法官。”这是
中原地区最早的三法司。历史更迭，岁月变迁，“六扇门”慢慢便成了中国传统司法体系的一个代名词。而呈现在现代影视作品中的“六扇门”，其实已经离史实相去甚远，更多地来自民间传说。而传说中的“六扇门”，是指明朝万历年间，朝廷为了处理国家级的重大案件，秘密设立的一个集武林高手、捕快、密探和杀手为一体的神秘组织。
“六扇门”虽行事凌厉，但却有一个不成文的规矩，那就是进门只允许东进西出，日常开放的是左右二扇门，普通人只能从右门进出，官员来了就可以走左门（以左为尊），只有上司来了才会开中门。用于集中办理政务的官署外的门就是衙门的“门面担当”仪门，在平常的时候开着的时间不长，大多的时候都是关着的，而想要进入则从六扇门内仪门两侧的门中进来，因为古代的衙门大多都是
坐北朝南，所以仪门两侧的门就在仪门的东西两边。一般都是东方向的门进，西方向的门出，与我们现在所提倡的靠右行走有异曲同工之妙。
另外，历史上还有几种关于“六扇门”的传说，一是据说
唐朝初期，刑部有一个下属机构名为“六扇门”，他们将一批少年秘密训练成朝廷的“鹰犬”，专门对付并解决
隋末农民起义留下的残余势力以及各地的绿林豪强，后来随着唐朝的社会稳定，“六扇门”这个机构也逐步退出了历史的舞台。一说
宋朝时期也曾有“六扇门”这个机构，而且是属于皇帝直属，专门为皇帝本人调查和处理一些上不得台面的事情，所以也就没能留下什么明确记载。还有一说，是在明朝万历时期，朝廷成立了一个集武林高手、密探、捕快和杀手于一体的秘密组织，名为“六扇门”，他们行动诡异、手段凶狠，专门办理大案要案，所以一时名震江湖，据说这个组织还曾在明末时期为
崇祯查办
魏忠贤为首的“阉党”立下汗马功劳。