1986年3月11日，国务院撤销亳县建置，建立亳州市（县级），以原亳县行政区域为亳州市行政区域。1998年2月，
亳州市从
阜阳市划出，由安徽省直辖。2000年5月11日，国务院批复，撤销县级亳州市，设立地级亳州市。亳州市人民政府驻新设立的
谯城区。以原县级亳州市的行政区域为谯城区的行政区域，将阜阳市管辖的
涡阳县、
蒙城县、
利辛县划归新设立的地级亳州市管辖。谯城区为市委、市政府机关所在地。
亳州市是2000年5月经国务院批准设立的省辖市，辖涡阳、蒙城、利辛和谯城三县一区，其中谯城区为市委、市政府机关所在地。全市行政区域土地面积8522.58平方公里，总人口663.0万人。
亳州市人民政府驻新设立的谯城区。以原县级
亳州市的行政区域为谯城区的行政区域，将
阜阳市管辖的涡阳县、蒙城县、利辛县划归新设立的地级亳州市管辖。城区为市委、市政府机关所在地。