村上元吉，幼名少辅太郎，元服后，从毛利元就名字中拜领“元”字而取名元吉。是日本战国时代至江户时代初期的武将，村上武吉的嫡子，继承了父亲的能岛村上水军头领地位。关原合战时从属西军，攻打了统治故地伊予国的加藤嘉明，在交战中被杀。

母亲是村上通康的女儿，弟弟是村上景亲，妻子小早川隆景的养女。孩子是村上元武，官职是扫部头。

村上元吉，为村上水军头领村上武吉嫡子，父亲隐退后，于1582年（天正10 年）左右继承家督，投靠毛利家小早川隆景的旗下。

于1592年参加壬辰卫国战争出兵朝鲜，表现甚佳。

于1600年关原之战中隶属西军，为了取回旧领伊予国，攻击东军武将加藤嘉明在的松前城。10月17日在四国伊予国的三津浜（现在的松山市古三津）登陆。9月17日深夜到18号早晨于古三津屋口遭到加藤嘉明家臣佃十成的夜袭而战败身亡，家督由其嫡子村上元武继承。