防城港市人民政府是防城港市的国家行政机关，于1993年10月8日挂牌成立。
1977年11月26日，国务院批准把东兴各族自治县县治从东兴镇迁至
防城镇，并改名为防城各族自治县。1980年9月6日，防城港镇正式成立。
截至2020年，防城港市辖2区（防城区、港口区）、1县（上思县）、1
县级市（东兴市）共4个县级行政区域；7个街道办事处：港口区的渔洲坪、白沙氵万、沙潭江、王府，防城区的水营、珠河、文昌；17个镇：港口区的光坡、
企沙镇，防城区的华石、那梭、那良、峒中、大菉、茅岭、江山、扶隆，上思县的思阳、在妙、叫安、华兰，东兴市的东兴、江平、马路；6个乡：防城区的
滩营乡、十万山，
上思县的南屏、平福、那琴、公正。