清朝中央政府的行政架构始设于
后金皇太极时期，天聪五年（1631年），设六部（吏部、户部、
礼部、兵部、刑部、工部）。
崇德二年（1637年）设立议政王大臣会议，这是后金时期和清初重要的决策机构。
1644年
清军入关后，中央政府又增设多个行政部门。
康熙十六年（1677年），在内阁外另设立南书房，使之成为决策中心。雍正十年（1732年），正式定名的办理军机事务处（简称军机处）成为清中后期为皇帝服务的国家决策中心。至此，议政王大臣会议名存实亡。
晚清时期，国内外环境剧变。1900年庚子事变后，清朝政府开始推行新政。1906年9月，政府下诏订定新中央官制，改六部为十一部。
宣统三年（1911年），成立责任内阁。清隆裕皇太后在
袁世凯胁迫下被迫答应退位，随后在1912年2月12日她以末代皇帝溥仪名义宣布退位。根据袁世凯当初与清廷所签订的《优待皇室条例》，后来在北京紫禁城中依然保持着一个“逊清小朝廷”，直至1924年11月5日
冯玉祥发动宫廷政变，驱逐溥仪出宫结束。