清末
菏泽市境内书院最负盛名的为曹州府的重华书院，位于菏泽城内西北部，占地24亩。1596年(明万历二十四年)兵备使
李天植建“重华祠”，祀舜帝，并为讲学所用，书院之名由是而起。其主要建筑有大厅三间，名“精一堂”，为讲学的地方；后楼一座，名“文昌阁”；小亭一座，名“木石居”；此外，还有东西斋舍6间。1617年(明万历四十五年)又增建“云斋”三间，“小乾坤”亭一座。1619年(明万历四十七年)又建有“文昌祠”、“养士仓”。至此，书院已具相当规模。以后历代都有修。书院有学田936亩，存款银2600两，钱4000余串，学田收租，存款生息为平时费用。此外，
菏泽市的佩文书院、右文书院，
曹县的居敬书院，
郓城县的宣文书院，
巨野县的麟川书院，
单县的鸣琴书院，
定陶区的养正书院等在鲁西南一带都颇具盛名。
书院由当地著名学者讲学，采取个别钻研，相互问答，集众讲解的教学方法，以研习儒家经籍为主，间以议论时政，对传播学术思想有积极作用。至清末，书院已明显地演变为科举预备考试的场所，选用的教材多为程朱理学派的书籍，如《
四书》、《五经》、《性理大全》等。为应付科举考试，非常重视八股文的习作，按清廷规定，书院需进行课考，一般每月两次。定在月之初二、十六两日，或月之初五、二十五两日。两次课试，一次为官课，由府、县出题、阅卷、给奖；一次为师课，由掌教出题、阅卷，书院给奖。
在管理体制上，以
雍正时期完善化的《
圣谕广训》为教育训练的主要标准，它使生童完全循规蹈矩于封建伦礼道德规范，牢牢地钳制着生童的思想。至清末，从书院的教材、教法、管理等方面，均显示出封建教育的腐朽性。
1898年(清
光绪二十四年)五月，清帝谕示各省府厅州县改书院设学堂。在
废科举、兴学堂的浪潮中，区内书院先后改为中学堂、小学堂或废止。书院作为一种相沿千年之久的办学形式宣告终结。
清末，曹州府私塾、儒学、书院的教师称塾师。由办学单位聘任屡试不第的秀才充任，也有
举人、贡生、生充任的。塾师的收入普遍较低，只能维持最低生活，如遇生、老、病、死之事，更为艰难。正如旧时流传的一首歌谣：“教书原本属下流，依人门户度
春秋。有饥有饱寻常客，无枷无锁自在囚。”足见教书生涯的艰辛。