携程计算机技术（上海）有限公司于1999年6月在上海成立。2000年10月，携程集团并购了当时国内较早的酒店分销商——北京现代运通商务旅游服务有限公司。2002年1月，携程再次并购了华北的机票代理公司北京海岸公司，并将机票预订业务整合到上海市统一处理，成为除民航系统外全国最大的机票中央预订系统。2004年末携程酒店预订成交量接近了40万间夜/月，国内国际机票销售量也达到近20万张/月，选购度假线路出游每月近万人次，有效会员超过100万人。

公司旗下携程旅行网在CINNIC(中国互联网络信息中心)以及IDC(IDG资本发展统计)的中国旅行电子商务公司排名中均连续多年名列第一。在2003年4月，携程集团还成为国家旅游局下属《中国旅游报》授予“中国旅游知名品牌”中的唯一网络公司。

2003年12月携程在美国纳斯达克股票交易所上市（CTRP），是目前国内第一家在美国上市的旅游公司，也是上海市第一家在美国上市的公司。

携程旅行网在北京、广州市、深圳、成都市、香港特别行政区设有分公司并在全国近30个省市设有办事处。2004年底全国员工数量超过2600人。3500余家会员酒店覆盖国内及海外300多个城市。同时拥有覆盖国内近40个主要商旅城市的全国最大机票配送网络。2004年末在国内的特惠商户数量近3000家，全国客户服务800电话呼叫中心拥有1000多个坐席。

2020年7月，携程集团计算机技术（上海市）有限公司的携程入选在线新经济（上海）50强榜单。

2023年7月19日，携程集团计算机技术（上海市）有限公司入选中华人民共和国商务部公布的电子商务示范企业名单。

2023年7月19日，杭州网易云音乐科技有限公司诉携程计算机技术（上海）有限公司侵害外观设计专利权纠纷案件将于上海知识产权法院张衡路第九法庭开庭。