深圳北京大学香港科技大学医学中心由深圳市人民政府、北京大学、香港科技大学三方合作创办，旨在借助三方优势，在深圳经济特区这块改革热土上，打造一个高层次的、创新型的、融医疗、教学、科研、产业及高新技术成果转化为一体的现代医学中心。

合作三方于2000年10月11日深圳市第三届中国国际高新技术成果交易会期间签署协议，深圳市机构编制委员会于2001年3月下文，批复同意成立深圳北京大学香港科技大学医学中心，为直属市政府的事业单位。原“深圳市中心医院”更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，作为医学中心发展的母体，纳入北京大学医院管理体系，直属医学中心管理。

医学中心主任享受正局级待遇，下设综合部、医疗管理部、科研教育部。主要职责任务是实践产学研相结合的新路子，办好高水平的医院，建立高层次的医学教育培训基地，培养高层次人才，设立医学和生物科技研究开发机构，推进医学、生物科技和医药等领域的科研成果转化和产业化。

经过十来年的扶持和努力，北京大学深圳医院已发展成为深圳市位列前三甲的综合性医院，门急诊及住院病人量、人均工作量等指标居深圳市医疗机构前列，连续六年在深圳市医疗质量检查评比中，名列前茅，成为了市民就医首选及放心的医院。

深圳市人民政府投资8000万元兴建科研教学基地已于2009年9月竣工投入使用，该楼地面共9层，总建筑面积1.8万平方米，设计新颖、功能合理、设施一流，集教学、研究、开发、成果转化等为一体，其中含有教学区1层，实验室4层，动物实验中心1层，是中心开展科学研究和教学的主要场所。

2004年，中心成立了深圳市卫生系统第一个博士后科研工作站，迄今为止，也是唯一一个。已培养了30名博士后。

2006年成立了生物医学研究所，现由香港科技大学生物化学系讲座教授张明杰任所长，北京大学医学部长江学者王克威教授任副所长。该研究所发展目标是：以生物医学领域的热点和难点问题为研究方向，紧密结合临床，开展高水平的原创性研究；使研究所成为中国生物医学研究的国家队、培养高水平人才的培训中心、新技术和新产品的研发基地。

同时，由深圳市人民政府拨款2000万元，用于购置实验室研究设备。已经到位的实验设备包括共聚焦显微镜、正置、倒置荧光显微镜、活细胞工作站、超速离心机、落地式大型高速离心机、大容量高速低温离心机、高速常温离心机，动物实验中心已通过广东省动物实验学会的验收，有力地保障开展各项科学实验。

深圳北京大学香港科技大学医学中心由深圳市政府、北京大学、香港科技大学三方共同创办，其组织架构如下图所示：

1、2000年10月11日 医学中心签约仪式

2、2001年9月26日 医学中心挂牌

3、2004年7月 博士后流动站

4、2007年1月27日 科研教学楼建设

5、生物医学研究所成立

6、2008年12月6日 泌尿外科研究所成立

7、动物中心成立

2001年9月至2006年11月：

主 任：王炳 北京大学党委书记

常务副主任：周俊安 深圳市卫生局局长

魏丽惠 北京大学医学部副主任

副主任：孔宪铎 香港科技大学副校长

杜如昱 北京大学人民医院教授

史守旭 深港产学研基地副主任

沈翼谋 香港科技大学教授

2006年11月至今：

主 任：柯 杨 北京大学副校长、北京大学医学部常务副主任

常务副主任：姜保国 北京大学医学部副主任

江捍平 深圳市卫生与人口计划生育委员会主任

副主任：史守旭 深港产学研基地主任

朱叶玉如 香港科技大学生物化学系主任 2006年到任，在任。

张明杰 香港科技大学生物化学系教授 2006年到任，在任。

陈 芸 北京大学深圳医院党委书记 2012年4月到任，在任。

1个 省级重点实验室（广东省男性生殖与遗传重点实验室）

3个 市级实验室（深圳市神经结构生物学重点实验室、深圳市皮肤疾病转化医学重点实验室、深圳市男性生殖与遗传重点实验室）

3个 市级公共服务平台（深圳市重大疾病临床资料和生物资源标本库、深圳市生物医学公共技术服务平台、市皮肤疾病分子诊断公共服务平台）

1个标准化动物实验中心。

这些重点实验室和公共服务平台所取得的研究成果令人鼓舞。包括：针对红斑狼疮、特异性皮炎的遗传学检测指标研究，可用于该类疾病及其预后的诊断治疗，已申请专利；针对自身免疫性疾病研究的诊断试剂盒，已进入合作开发和中期试用阶段；针对晚期恶性肿瘤、性传播疾病进行的靶向性基因治疗研究，可延长晚期恶性肿瘤患者的生存期，提高性传播疾病的治愈率。该项研究已进入动物实验阶段；针对阿尔茨默症（老年痴呆症）开展的遗传基因检测研究，可有效筛选高危病人，进行早期诊断、早期干预治疗；

在神经系统蛋白质结构方面，针对蛋白质结构变化，开发小分子化合物新药，用于神经精神疾病（如孤独症、抑郁症、阿尔兹海默症）的治疗，具有特异性高、副作用小的优势；对男性不育症和泌尿系统肿瘤发生相关的突变及基因在发病中的作用，将成为早期诊断的标志和药物治疗靶点。

此外，医学中心现已拥有国家、省、市各级研究课题超过百余项，获得的经费资助达4千余万元，发表在国内外核心期刊和SCI收录文章达130余篇，多项研究成果在国际权威学术杂志《Nature》、《Cell Stem Cell》、《Nature Genetics》等上发表。不少科研项目已申请省、市及国家专利。

在开展高层次医学科学研究同时，中心借助北京大学、科大两所名校师资力量，培养高层次医学研究人才。已建立北京大学神经科学、生物化学与分子生物学2个基础医学研究的博士研究生培养点，现已招收博士后29名，博士研究生4名，硕士研究生11名。其中21名博士后已顺利出站。这些高级人才是深圳市医疗卫生事业发展的重要人才储备力量，其中不少人已获得深圳市地方级或后备级高层次人才的资格。