2000年教育部批准南京航空航天大学试办研究生院，南京航空航天大学学位与研究生教育进入了全面发展阶段。现有在校硕士生近11771人，博士生4660余人，留学研究生320余人。截至2023年5月，学校共授予博士学位5435名，硕士学位49478名。

1962年招收首批研究生。

1981年全国首批具有博士、硕士。

1982年成立学校第一届学位评定委员会。

1984年设立研究生部。

1988年获批3个国家重点学科。

1997年获得工程硕士学位授予权的单位

2000年试办研究生院。

2004年正式建立研究生院。

2018年专业学位授予权。

为了进一步促进南京航空航天大学博士生的培养工作，提高博士学位的授予质量，南京航空航天大学研究生院先后出台了优秀博士、硕士学位论文评选及奖励办法，培育优秀博士学位论文试行办法以及关于博士学位论文隐名评审实施办法等，设立了博士学位论文创新与创优基金，制订了研究生“双语教学”课程建设计划实施意见，推动了我校研究生尤其是博士生培养质量的全面提高，学校已获全国优秀博士学位论文3篇，省优秀博士学位论文10篇，省优秀硕士学位论文25篇。

奖励政策

南京航空航天大学在各方面为研究生培养提供了良好条件和途径，除通过正常考试招收硕士生和博士生外，学校对品学兼优的本科生，采取推荐免试攻读硕士学位制度、硕博连读制度和硕士生提前攻读博士学位制度等。学校还对研究生实行普通奖学金、优秀奖学金、新生特别奖学金和特优奖学金制度，奖学金金额从500元到5000元。同时为帮助经济困难的研究生顺利完成学业，免除后顾之忧，学校实行研究生兼助教、助研和助管制度及助学贷款制度。

目前南京航空航天大学正根据国民经济建设和社会发展的需要，合理调整学科布局，优化学科结构，积极发展研究生教育，实施“以人为本，注重内涵，强化特色，加速发展，创建一流”的发展战略，为完成南京航空航天大学“十一五”计划和远景规划提出的建设任务，为把南京航空航天大学建设成为具有航空、航天、民航特色的、国内一流的、有广泛国际影响的高水平研究型大学而努力奋斗。

研究生院在担负全校研究生教育的领导和管理工作中，不断总结经验，努力提高水平，坚持以质量为中心，以改革为动力，各个管理环节实现了规范化、科学化。1999年11月，被国务院学位委员会、国家教育部评为“全国学位与研究生教育管理工作先进集体”称号。2001年以来，研究生教育获全国高等学校优秀教学成果二等奖3项，获江苏省高等学校优秀教学成果特等奖1项、一等奖5项、二等奖3项。