本片是纪录片大师原一男长达6小时的最新鸿篇巨著，耗费12年拍摄完成。围绕着
日本著名的水俣病环境污染事件（被称为世界八大公害事件之一)展开，详尽地纪录受害人的生存处境、他们与社会行动者共同争取权益的的漫长过程。影片分为三个部分：整顿医学理论、时间的流逝以及关于
病理学的学术论文的撰写，详尽地纪录了污染受害者家庭的困境。
摄影团队深入到这些家庭展现他们的生活现状，关照到了个体生活案例，医治努力，学者研究，普通人情感和反馈等各个方面。
《水俣曼荼罗》分为三个部分，详尽地描绘了污染受害者所面临的困境。摄影团队走入受害家庭，对他们的生活状况、学者研究，以及法律诉讼等各个方面进行了调查与展示，表达了对环境保护刻不容缓的态度。该片的拍摄是在数码录像的时代完成的，成本没有胶片菲林成本那么高，相应的，拍摄的内容很容易就增加累积了起来。此外，《水俣曼陀罗》的拍摄还使用了两台摄影机，素材的累积超过了1000小时。该片一共花了十五年时间拍摄，而后期剪辑花了三年时间，不过这两者之间有重叠的部分，所以一共历时十六年才完成。
《水俣曼荼罗》的一大成功之处，在于其不同于以往的散点式的叙述结构和比以往更加丰富的素材，
原一男不仅试图在影片里呈现水俣病患的病痛，关注他们在生活中遇到的种种困难，也试图探寻他们动人的内心世界，从而为影片带来了更加多样的层次，使得每个人物看上去都较以往的作品更加鲜活。在电影第二和第三部分开头，镜头分别对准一位男性
水俣病患者和一位女性患者，二人在原一男的询问下讲述了各自的恋爱、婚姻经过，后者更是在安排之下与她曾经相恋过的健康男性一一会面，诉说他们的恋爱过程，让人非常直观地感受到水俣病患者内心迸发的激情。（《
北京青年报》评）