中国科学院上海交叉学科研究中心于2001年11月由中国科学院正式批准组建，是中科院知识创新工程试点全面推进阶段首批启动新建的非法人研究单元之一。其目标是建设成面向国内外、具有国际先进水平的、围绕生命科学的多学科交叉的前瞻性和战略性理论研究场所，成为培养我国具有多学科视野领衔式学术带头人的摇篮。

科学家们不仅有责任致力于现阶段的科学研究，更重要的是必须为适应未来经济和社会发展需要的科学研究提出新的假设或概念，促进超前思想引导下的科学探索奖。这种超前思想来自于不同学科和不同研究领域科学家之间的共同探讨和思想碰撞。为此，国际学术界总是有意识地组织多学科交叉的前瞻性和战略性研究，促使超前思想的产生，从而带动一批新的交叉学科前沿领域和方向的诞生和发展，为实现科学理论和技术手段的新突破奠定基础。美国普林斯顿大学的高级研究所（Institute for Advanced Study，Princeton）是最早建立的这类研究机构。德国、荷兰、瑞典等也有这样的研究机构。

面向我国经济和社会发展的需求，为超前探索创造契机和土壤，中国科学院决定建立一个中国的多学科交叉的超前探索研究中心。2000年11月，中国科学院和马普学会共同在上海举行“交叉学科研究机构论证会”，就在上海建立一个交叉学科研究机构达成了初步意向。中国科学院路甬祥院长、德国大众基金会秘书长Wilhelm Krull博士与国内外著名专家参加了会议。2001年5月，中国科学院陈竺副院长率团赴德国柏林出席了筹备委员会会议，会议确定了交叉学科研究机构的基本组织框架和运行模式。

2002年3月，交叉学科研究中心正式成立。该中心挂靠中国科学院上海生命科学研究院，实行理事会领导下的主任负责制，设立学术委员会作为理事会的高级学术咨询机构。中心已聘任原德国马普学会生物与医学部主任、马普发育生物学研究所所长、著名发育生物学家乌里·施瓦茨教授为首任主任，旅美华裔科学家饶毅教授为副主任。

中国科学院上海交叉学科研究中心（以下简称“交叉学科研究中心”）组建于2001年11月，是中国科学院知识创新工程试点全面推进阶段首批启动的新建非法人研究单元之一。

2003年3月经中国科学院批准，中国科学院上海交叉学科研究中心正式成立。成立之初，交叉学科研究中心挂靠在中国科学院上海生命科学院，聘任原德国马普学会生物与医学部主任、马普发育生物学研究所所长、著名发育生物学家Uli.Schwarz教授为主任，旅美华裔科学家饶毅教授为副主任。

2007年起，著名生物化学家林其谁院士担任交叉学科研究中心的新一任中方主任，德方主任由马普学会分子细胞生物学与遗传学研究所Kai.Simons教授担任。交叉学科研究中心先后多次举办了“纳米生物学—未来之挑战”、“神经科学前沿”、“21世纪的生物医学工程”等高水平、国际性的交叉学科圆桌会议。

2009年1月，由中国科学院批准，交叉学科研究中心依托管理单位调整为中国科学院上海分院，成立了中国科学院交叉学科研究中心理事会，以实现更大范围的交叉，更高层次的多学科交叉融合，努力打造跨学科、跨研究所的国内外合作交流平台，更好地为上海分院系统的各研究单位以及广大科技人员服务。

交叉学科研究中心主要围绕生命科学的多学科交叉的前瞻性和战略性理论研究，涉及的主要学科包括生命科学和非生命科学，如数学、物理、化学、信息科学等。该中心的主要作用是：通过研讨形成发展战略报告，供国家、地方和中国科学院有关科技规划部门参考；通过研讨形成前瞻性创新研究项目建议，供部署新的学科生长点或布局时参考；通过中心客座研究人员及院内外有关科学家的交流和共同探索，促进国内外和中国科学院内外多学科联合与协作；培养具有多学科视野的领衔式学术带头人，为多学科交叉人才的引进奠定基础；培养青年科学家的创新思维。

中德系列前沿探索圆桌会议，旨在通过我院、马普学会的科学家与世界科技专家在若干前沿领域的交流和研讨，探索前沿领域发展的趋势、交换科学新的思想和理念、发现新的研究领域和方向，为我院凝练部署前瞻项目，为我院与马普学会产生新的合作方向，为我院和其他科技发达国家开展合作，不断提供思路和建议。

“科学沙龙”是由中国科学院上海交叉学科研究中心主办的系列学术活动之一。是为各研究所及科学家服务的一个学术交流平台。其宗旨是创造宽松自由的学术交流环境，弘扬学术民主风气，促进学科交叉融合和新思想、新技术的交流。主要围绕科学前沿基础性研究的若干问题及国家和区域发展的关键技术及咨询建议等开展活动。如生命科学与健康、信息科学技术、材料科学技术、工程技术、新能源、空间技术与海洋资源、环境、现代农业等。《科学沙龙》以主题报告与自由讨论相结合的形式，邀请两院院士、专家、企业家、政府部门领导、管理者参加。每次活动人数一般为10-15人左右。