《凉宫春日系列》是一部改编自原作小说的漫画。连载过程中曾变更作者。在みずのまこと版漫画被腰斩后，由ツガノガク负责作画重新连载，该漫画讲述了神秘组织领袖凉宫春日的故事。

“我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有ET、未来人、异世界的人、超能力者，就尽管来找我吧！以上。”才一开学就在自我介绍时让全班愕然的凉宫春日。

不过，春日她可是打从心里认真的！被暴走的凉宫春日所创立的神秘组织SOS团所卷入，我的命运又将如何？

凉宫春日：对普通的人类没有兴趣的神秘组织SOS团的领袖。

漫画《凉宫春日的忧郁》（みずのまこと版）由角川书店出版发行，无中文译本，全1册。漫画《凉宫春日的忧郁》（ツガノガク版）亦由日本的角川书店出版发行，繁体中文版由中国台湾的台湾角川书店代理发行。

最初，漫画版《凉宫春日的忧郁》由漫画家みずのまこと负责作画，在漫画杂志《少年ACE》（角川书店）2004年5月号-12月号上连载。漫画后来遭腰斩并变更作者，单行本也只发行了1卷（2004年9月1日发售），收录了原作小说第1卷《凉宫春日的忧郁》的前半部分和第3卷《凉宫春日的烦闷》、《竹叶狂想曲》部分内容的5话，其余话数未被收录。

此后，漫画版《凉宫春日的忧郁》改由日本漫画家ツガノガク负责作画，在漫画杂志《少年ACE》2005年11月号-2013年11月号上连载。另外，其番外篇亦在漫画杂志《增刊ACE Assault》（季刊）2007年SUMMER号-2009年SPRING号上刊载。

另外，中国版《凉宫春日的忧郁》漫画由“Summer Zoo”的新锐作者豚宝作画，并于中国大陆的漫画杂志《天漫》创刊号（2011年9月号）上开始连载。