重庆两江新区管理委员会（简称两江新区管委会）和中国共产党两江新区工作委员会（简称两江新区党工委）合署办公，实行一套人马、两块牌子的体制。

两江新区党工委、管委会为中国共产党重庆市委员会、重庆市人民政府的派出机构，主要负责两江新区经济发展和开发建设的统一规划、统筹协调和组织实施。负责机关日常党务、行政事务、涉外事务和机关党建日常工作；负责综合文稿、文电会议、电子政务、目标管理等工作；负责组织、干部、机构编制、人事人才、非公党建、统一战线、离退休人员管理等工作；负责精神文明建设、思想政治教育、中心组学习、社会舆论引导、对外宣传策划、意识形态等工作；负责战略规划、发展改革、投资调控、运行调度、外经外贸、工业和信息化、统计分析等工作；负责汽车、电子信息、高端装备、生物医药、新能源新材料、节能环保等第二产业的招商引资及服务工作；负责金融、总部经济、商贸、物流、会展、旅游、房地产、教育、文化、卫生、体育等现代服务业的招商引资及服务工作；负责推进自主创新体系建设，高新技术产业培育、扶持、服务及知识产权等工作；负责财税政策、财政收支预算、财政监督、政府采购、资金管理调度和国有资产监管等工作；负责城市建设、建筑活动及建筑市场管理，建筑工程勘察设计、招投标、建筑施工质量安全的监管，建筑节能及人民防空等工作；负责市政管理、交通运输、园林绿化、农林水利等管理工作；负责推进依法行政、政法综治、司法行政、信访稳定等工作；负责医疗卫生、计划生育、文化广电、新闻出版、文物、体育、民宗台侨、动物防疫、人民武装、对口支援等工作；负责学前教育、义务教育、高中阶段教育、成人教育、社会力量办学管理，以及学校和师资队伍建设等工作；负责劳动就业、社会保障、劳动监察、职业技能开发、用工保障、社会救助、社会福利、双拥优抚、殡葬婚姻等工作；负责安全生产综合监督管理等工作；负责行政审批制度改革，开展行政审批监督管理、考核评价等日常工作；负责火车北站地区的综合管理工作。

两江新区党工委、管委会现有派出机构1个、内设机构15个、党群团组织4个、特设机构1个、直属机构2个。

1. 派出机构：纪工委、监察室。

2. 内设机构：党工委巡察办、办公室、组织人事部（非公工委、老干部局）、宣传部（文明办）、经济运行局、产业促进局、现代服务业局、科技创新局、财政局（国资局）、建设管理局（人防办）、城市管理局（城市管理综合行政执法局）、政法委（信访办）、司法局、社会发展局、教育局，社会保障局、退役军人事务局，应急管理局。其中党工委巡察办与纪工委合署办公室；社会保障局和退役军人事务局合署办公；

3. 党群团组织：机关党委、中华全国总工会、团工委、妇联。

特设机构：自贸办（中新办）

直属机构：政务中心、火车北站综管局

两江新区全域规划总面积1200 平方千米，其中可开发建设面积550 平方千米，水域、不可开发利用的山地及原生态区共650 平方千米，涉及到江北区、渝北区、北碚区三个行政区部分区域。

两江新区直管区共15 个建制镇和街道，总面积约638 平方千米，鸳鸯街道、人和、天宫殿、翠云街道、大竹林街道、礼嘉镇、金山区、康美等8个直属街道，鱼嘴镇、复盛镇、郭家沱街道、龙兴镇、石船镇、水土镇、复兴镇等7个建制街镇。