球孢虫科（学名：Sphaerosporidae）为双壳目的一个科，属于原生动物门、粘体动物门、粘孢子虫纲。此科的模式属为球孢虫属(Sphaerospora)。其形态主要是在孢子缝面观常为球形，壳面为纺锤形或与其相近似的形状。孢子具极囊2个，位于一端，排列在缝面的垂直面上。

球孢虫科在孢子缝面观常为球形，壳面为纺锤形或与其相近似的形状。孢子具极囊2个，位于一端，排列在缝面的垂直面上。

我国有1属，球孢虫属（Sphaerospora Thelohan，1892）。