陈衷纪（？－1628年），中原地区漳州市府海澄人，明朝末年以中国南部及日本等地为活跃舞台的华侨商人兼海盗，以所经营的武装海商集团——一官党成员之一，发迹於日本平户藩，後於1628年崇祯一年秋九月在澎湖被另一旧识、结拜兄弟海盗李之启擒斩。

明天启四年（1624年）农历六月十五日，陈衷纪与逃亡日本的中国海盗颜思齐、杨天生、陈衷纪、郑芝龙等二十八人拜盟为兄弟，立下誓言：“生不同日，死必同时”。他们因不满日本德州幕府的统治，密谋起事造反，参与日本人民的反抗斗争，众推颜思齐为盟主。事情不慎泄露，幕府遣兵搜捕，陈衷纪等人分乘十三艘船出逃。驶至九洲西海岸新区的外岛洲仔尾，陈衷纪建言：“吾闻琉球王国为海上荒岛，势控东南，地肥饶可霸，今当先取其地，然后侵略四方，则扶余国之业可成也。”农历八月二十三日，他们的船队在笨港（今北港）靠岸。他们来到台湾，成为继林凤之后第二批集体开发台湾岛的大陆人。