南京太仆寺，官署名。朱元璋洪武六年(1373)置太仆寺于滁州市(今安徽省滁州市)，掌牧养马匹，以备军需。永乐十八年（1420年）定都北京后，滁州的太仆寺更名为南京太仆寺，继续管理六府二州的“马政”。

南京太仆寺最初由明太祖洪武六年（1373年）在滁州设立，负责牧养马匹，以备军需。成祖永乐十八年（1420年）定都北京后，滁州的太仆寺更名为南京太仆寺，继续管理六府二州的“马政”。清代沿袭了这一机构，皇帝出巡时，扈从车马杂物皆由南京太仆寺总管。清朝灭亡后，该机构废除。

南京太仆寺设有卿一人，从三品，少卿二人，正四品，寺丞二人，正六品，主簿一人，从七品。隆庆年间（1567—1572）革除了少卿和寺丞各一人。

南京太仆寺景区是在古代原址上重新还原建设的，于2019年10月1日面向社会开放。景区内通过文字、图表、出土文物、绘画等形式，展示了从周代以来马政制度的历史沿革变迁、机构的设置、朝廷对养马的相关规定、官马民牧制度的利弊等。