杨启樵1931年出生于中国上海，祖籍浙江余姚县朗霞。他的祖父是清朝
举人，也是余姚最大的藏书家，拥有“汲修书屋”，这个藏书楼至今仍然存在。1950年，杨启樵赴
香港特别行政区就读于英语专科学校。1951年，他考入香港新亚书院（即今
香港中文大学）文史系，师从
钱穆。毕业后，他进入香港友联出版社，历任助理编辑、编辑、副总编辑。
1965年，杨启樵受
哈佛大学燕京学社资助，赴
日本留学。1966年，他入读
京都大学人文科学研究所。1968年，他转入
京都大学历史系。1972年，他获得京都大学文学博士学位。毕业后，他在日本广岛大学文学院任教。后来，他转至姬路独协大学任教。
他的研究领域包括清朝雍正帝的研究和红学研究，其中《
雍正帝及其密折制度研究》是他的代表作。