1941年10月15日，日本情报机关的特工人员闯进
尾崎秀实的家中将他逮捕。两天后，日本特工逮捕了德国记者佐尔格。在证据面前，他们相继承认了为
苏联从事谍报工作的事实。据尾崎回忆，他初次见到佐尔格，是在二十世纪三十年代的
上海市。尾崎作为朝日新闻驻上海的特派记者，结识了美国女作家斯梅德勒，后者也是
鲁迅的朋友。
尾崎一直对于
日本侵略中国怀有反感，特别是目睹上海在
中日战争前夕的种种景象，使他对反抗殖民侵略的中国人民充满同情。在斯梅德勒德介绍下，他和佐尔格会面，并答应为他收集日军在华的情报。此后，尾崎调回日本，而佐尔格也回到苏联。佐尔格接受
苏联红军情报部门的派遣，和怀孕的恋人匆匆分别，以
德国记者的身份前往日本。日本此时陷足于
八国联军侵华战争，国内经济面临严重危机，社会矛盾上升，注定要走上扩张之路。佐尔格因为和德国驻日大使奥托有
第一次世界大战的战友之谊，得到了他的信任，能够接触内部的机密文件。奥托与妻子感情名存实亡，对她和佐尔格的私情也装作不见。尾崎作为中国问题专家，成为近卫内阁的工作人员，随后调到满铁，他将自己接触到的机密文件都转给了佐尔格。佐尔格在一家德国风格的酒店认识了交际花华子，两人开始恋爱。由于
苏联开始肃反大清洗，佐尔格原来的上级纷纷被屠杀，他的小组和总部失去了联系，他发出的
德国即将进攻苏联的警报被
约瑟夫·斯大林嗤之以鼻。
苏德战争爆发后，苏联意识到佐尔格的可贵，重新与他恢复联系。但因为佐尔格小组的成员被捕，全体的身份暴露，被
日本特务机关破获。
1944年11月，
第二次世界大战还有九个多月就要结束，但佐尔格和尾崎都被判处死刑并执行。由于当时苏联和日本尚无交战状态，佐尔格的身份不被承认，在苏联的妻子反因莫须有的叛国罪逮捕。
1984年，筱田受佐尔格的《日本的军部》一文的启发，决定将佐尔格事件搬上银幕。从1990年开始，筱田导演共耗时10年，剧本10易其稿，才完成了这部电影的前期准备工作。日本
东宝株式会社公司投入20亿
日元（约合1600万美元）的资金来拍摄。摄制组还在
松江区的车墩影视基地和
柏林等地进行过拍摄。
《间谍佐尔格》里有这样一组镜头：
陆军大臣东条英机去拜会首相
近卫文麿时，不等首相有请就擅自闯了进来，非常傲慢地坐到了沙发上，慢慢地从口袋里掏出香烟悠然地点了起来。近卫首相看在眼里，却是敢怒不敢言。整个过程没有一句对白，但军人的跋扈、政治家的无奈表现无遗。
从被称为“新浪潮派”的松竹时代到与已故的
宫川一夫摄像师（注：
黑泽明《
七武士》等影片的摄像师）共同合作，筱田导演都以“映像派”而出名。在这部影片中，影片画面的数码化也是值得关注的一点。
筱田导演说：“电影的百年历史是通过胶片来体现画面的美感，如果只是拘泥于这种技术，那将是时代性的错误。我想，制作出一部不输给好莱坞电影的、场面宏大的电影，并且表现只有
日本人才能作出来的世界，这样的电影只有通过数码化画面才能制作。”
不使用胶片，用数码高清晰度摄像机拍摄，并将画面保存在电脑里，这就是数码电影制作的主要过程。合成通过CG（电脑制图）再现的战前的银座街道等场景。在影片《写乐》中试验性的用了十几个CG片断，在影片《枭之城》中有一百多个CG片断，而在这部影片中CG片断增加到了980个。
筱田导演说：“这部影片中包含了日本现代史、数码画面、电影社会学等各种知识。以后再要创作电影的话，有必要进行新的学术研究”。他表示将在退休后回到母校早稻田大学培养下一代人才。
•在该片2003年6月14日的首映式上，时年72岁的
筱田正浩正式宣布引退，之后将全力从事电影人才培养工作。
•导演筱田正浩的夫人
岩下志麻在《间谍佐尔格》片中扮演了
近卫文麿的夫人近卫
井上千代子。她在该片首映式上向筱田献上了36朵玫瑰花，一是纪念筱田的第36部电影上映；二是纪念他们结婚36周年。
《间谍佐尔格》让世人再次认识到二次世界大战期间的
日本在
军国主义教育下，发动的那场侵略战争是错误的。同时在长年准备这部作品的过程中，筱田导演也希望通过这一事件能为当今社会中存在的一些问题寻找答案。其中之一就是对于日本人不能正确认识的政治、经济、军事等问题，外国人却有着非常正确的认识。这一现象在世界上也同样存在，由于不能进行冷静的处理，事态只能朝着不合理的方向发展下去。事件中的佐尔格和尾崎正是由于对当时的局势有着正确的分析，才觉得自己有特别的使命感来同日本军国主义和
德国纳粹进行斗争。电影中扮演佐尔格的
伊恩·格伦和扮演尾崎的
本木雅弘等演员正是基于这一认识，并没有将电影演成一部
间谍，这才是这部作品格调高雅之处。（
佐藤忠男评）
《间谍佐尔格》片长三个多小时，背景时间跨度十几年，重大历史事件连续不断，
筱田正浩没有把影片停留在陈述史实的枯燥程度上，而是以刻画细节来展现人性，由此带给观者心灵上的震撼。（
中国网评）