《
超级机器人大战 - Original Generation 2GC》是首款于 NGC 主机上所推出的《超级机器人大战》系列作，游戏将采用 2D 平面地图与 3D 立体战斗画面的方式来构成，并加入了 2D
机战作品所没有的损伤部位判定系统，机体的损伤将会分散到机体的手脚等部位。
宇宙世纪0079。在
地球联邦政府的指挥下，人类开始向宇宙开始移民的早期岁月。面对几年前火星基地的毁灭事件，不可否认存在未知的攻击性敌人。
为了对付这种情况，地球联邦政府在世界各地设立了防卫队，来应对人类以外的敌人。但是，意外中的敌人频频出现。机械兽军团、恐龙帝国、ジャーク帝国、ロボット帝国等拥有超技术的势力，使得那些防卫队无力抵御。
以SIDE3为中心的ジオン公国，以及处于月面的统一帝国ギガノス，在同样的
宇宙移民者的选民思想推动下形成了统一战线，挑起了对
地球联邦的独立战争。进入战争的紧张态势已经过去了几个月了……