墨脱镇下辖7个村和1个社区，是一个门巴族、珞巴族、汉族、藏族等多民族聚居的乡镇；辖区共有大小河流13条，共设有镇级总河长2名、镇级河长8名，村级河长7名，负责辖区内日常巡河工作，确保河长制工作持续不间断。

墨脱镇虽然是腹心镇，但由于历史、交通等因素，2018年底实现整镇脱贫，并荣获“全国脱贫攻坚先进集体”，开启巩固拓展脱贫攻坚成果同乡村振兴有效衔接之路。

墨脱镇内自然环境优越、区位优势显著、基础设施日趋完善、旅游资源丰富、产业发展基础较好。从2016年开始，墨脱镇党委政府将茶产业确定为实现“一村一品”的支柱产业，全镇7个行政村均发展茶产业，并将产业振兴与村集体受益、百姓增收实现共同富裕有机结合起来，加速构建具有核心竞争力的特色农业产业体系，不断壮大以茶产业为中心的“茶旅融合”特色产业优势区。2019年，该镇茶产业逐渐趋于成熟，实现产业入户。全镇建成茶叶基地7个，共计1729亩（其中4个基地已产茶，共计780亩），覆盖该镇5个行政村。

1967年，建乡，属墨脱区。

1973年，改公社。

1988年，复改乡。

1999年，撤乡建镇。

2011年末，墨脱县镇辖墨脱、巴日、米日、玛迪、亚让、亚东6个村民委员会。

截至2020年6月，墨脱镇下辖7个行政村，镇人民政府驻墨脱村。

墨脱镇地处墨脱县北部，东南与印占区接壤，南连背崩乡，西与德兴乡毗邻，北与达木珞巴民族乡相连，东北与格当乡相连。辖区总面积1217平方千米。

墨脱镇属喜马拉雅山脉东侧亚热带湿润气候。年平均气温16℃，无霜期年平均365天，年平均降水量2500—3900毫米。由于海拔最低，墨脱镇植被丰富，拥有丰富的动植物资源。

2011年末，墨脱镇辖区总人口2000人。其中农业人口1887人，城镇人口113人。主要有门巴族1911人、珞巴族22人、藏族53人、汉族14人。

截至2017年末，墨脱镇常住人口5055人。

截至2018年末，墨脱镇户籍人口2397人。

截至2019年末，墨脱镇户籍人口2405人。

截止2020年11月1日零时，墨脱镇常住人口为5756人。墨脱镇的大部分人口是梅玛科巴人，还有相当数量的康巴人、孔波巴人和洛巴人。

2011年，墨脱镇农村经济总收入1289.8万元；农牧民人均纯收入5096元，其中现金收入3847.50元。

截至2019年末，墨脱镇有工业企业7个，营业面积50平方米以上的综合商店或超市12个。

2011年，墨脱镇有农作物种植面积4143亩，其中粮食作物种植面积3905亩、蔬菜种植面积238亩。粮油总产量1390.5吨。

2011年末，墨脱镇6个村民委员会均通路。

2011年末，墨脱镇建有电视台、小型地面卫星接收站，电视覆盖率45%，广播覆盖率40%左右。

2011年末，墨脱镇有卫生服务中心1所，医疗卫生人员2人，病床3张，全年门诊人数1985人次。

2011年，墨脱镇农村最低生活保障平均标准从每年718元提高至每年832元，支出4.7万元；五保对象供养标准从年人均2000元提高到2200元，支出2.42万元。

2011年末，墨脱镇2个村民委员会通邮。

2011年末，墨脱镇有供水管道长约2300米，生活污水通过污水管网处理。

2011年末，5个村民委员会通电，通电率达45%。

2019年7月24日，墨脱镇入选2019年全国农业产业强镇建设名单。