鞭毛虫纲（Mastigophora）身体前端着生一个鞭毛或多根鞭毛。有些体内具色素体，能借日光能量，自己制造食物，营植物性（自养）营养，属于植鞭毛类（phytofla gellates）；另一类是体内不具色素体的异养类型，称为动鞭毛类（zoo flagellates）。植鞭毛类能分泌硬体，因此化石较多。动鞭毛类不能分泌硬体，至今未见化石，虽然其化石可能在寒武纪早期即已存在。

鞭毛虫纲(Flagellata)

属原生动物门（Protozoa），以鞭毛为运动胞器的原生动物。如眼虫、夜光虫、锥虫、利什曼原虫等。

多数种类表膜坚韧，能维持一定体形。以鞭毛运动，鞭毛一到多根，一般自体前端发出。

营养方式有3种：

①自养性营养(或称植物性营养)，即体内有色素体，能行光合作用自己制造养料，如衣滴虫性阴道炎；

②腐生性营养，体内无色素体，借体表渗透作用摄取周围环境中呈溶解状态的有机化合物，如锥虫；

③动物性营养，以胞口等摄取或吞噬外界固体食物，如变形虫、草履虫等。另外，如绿眼虫等，尚有混合性营养方式，即在有光条件下，可行光合作用，自制养料；在无光条件下则进行腐生性营养。无性生殖的一般为纵二分裂，也有出芽生殖的；有性生殖则为同配或异配生殖。分布极广，自由生活于淡水、海洋和潮湿的土壤中，少数营寄生生活，有些是人畜的病原体，如锥虫、利什曼原虫、毛滴虫等。

约有2000余种，分2亚纲。

植鞭亚纲  Phytomastigina

都具有色素体，可行光合作用即进行植物性营养。淀粉及副淀粉是其主要的食物贮存物，有无性生殖和有性生殖，虫体通常具有2根鞭毛，体表为皮膜或纤维素细胞壁，自由生活。

动鞭亚纲  Zoomastigina

没有色素体，行动物性营养或腐生性营养，糖原是其食物贮存物，不行有性生殖，有一到数根鞭毛，虫体表面只有细胞膜，除少数种类自由生活外，多数种类在多细胞动物体内营共生或寄生生活。