怀恩县原属于漳州市地区。据历史记载，该县于唐开元二十九年（741年）因瘟疫肆虐导致人口流失而被降级为镇。1982年的《诏安县地名录》提到，在诏安县南诏镇西门内的帝君庙巷墙壁上发现了一块刻有“怀恩古井”的古石，这可能是约1300年前设立怀恩县时开凿的水井。这一发现表明，怀恩县的旧址可能位于现今福建省诏安县的城市中心区域（南诏镇）。

怀恩县的历史可以追溯至唐朝时期。然而，由于一场严重的瘟疫爆发，导致当地居民大规模迁移，最终在公元741年，怀恩县被迫由县级行政单位降格为镇。尽管如此，怀恩县的名字及其历史遗迹仍然存在于现代的地名和文物之中。