怀恩本是官宦子弟。
宣德元年 (1426年)，其族兄
兵部侍郎戴纶被
朱瞻基朱瞻基处死，怀恩的父亲太仆卿戴希文，受牵连被籍没。年幼的怀恩因此被施以宫刑，充入小黄门，赐名怀恩。
朱见深时期，怀恩担任司礼监掌印太监。以西厂头目
汪直为首的一批宦官对怀恩十分忌惮。怀恩维护忠臣，曾为
礼部员外郎林俊要被处死之事，与明宪宗据理力争，甚至以首承砚。又拒绝接受章瑾贿赂，为其谋求
锦衣卫镇抚使。明宪宗末年（1487年），宪宗听从
万贞儿蛊惑，决意废立太子
朱祐樘，怀恩坚决反对，被斥居
凤阳县（今安徽省凤阳）。朱佑樘继位后，召回怀恩，仍命他掌管
司礼监。怀恩劝谏朱佑樘贬斥奸邪之臣，内阁首辅
万安，起用忠臣
王恕。怀恩去世后，朱佑樘特批为他建造显忠祠。
《明史》记载，怀恩性格耿直忠贞，不屈不挠。明朝人
沈德符在《
万历野获编》中评价怀恩，认为明孝宗能顺利即位称帝，怀恩当居首功。
怀恩，生卒年不详，父亲是太仆卿戴希文。怀恩原本是
兵部侍郎戴纶的族弟，
宣德元年 (1426年)，戴纶因为屡次劝谏
朱瞻基朱瞻基不应经常出去骑射，被明宣宗记恨，最终处死。怀恩的父亲戴希文也受牵连被籍没，年幼的怀恩被充宫入小黄门，施以宫刑为宦官，赐名怀恩。
朱见深在位期间（1464年-1487年），怀恩升任司礼监掌印太监。
成化十三年（1477年），朱见深设置西厂，由宦官
汪直掌管，
梁芳、韦兴等宦官也受到朱见深宠幸，专权用事。怀恩的地位在汪直等人之前，性格耿直忠贞，不屈不挠，这些宦官都对怀恩抱有忌惮。汪直正是得宠，控制西厂，屡兴大狱，其每每出行，公卿都为此避让。同年五月，
大学士商辂和
万安、刘王羽、
刘吉弹劾汪直的所作所为。朱见深大怒，令怀恩与
覃吉等人到内阁，严厉质问此弹劾奏疏是谁发起的。商辂详细地讲述了汪直的罪行，表示此奏疏是他们一心为国除害上奏，没有先后之分。怀恩将此事据实上奏，接着又有其他大臣一起弹劾
汪直，
朱见深不得已罢设西厂，怀恩奉命去历数汪直的罪状后，调汪直到御马监工作。
礼部员外郎林俊因弹劾
梁芳及宠僧
继晓，被抓捕下狱，朱见深打算下令将其处死，怀恩据理力争。朱见深为此大怒，拿起砚台砸向怀恩，质问他是不是要帮着林俊诽谤自己。怀恩除去冠帽伏地痛哭，但仍不改为林俊求情之心。朱见深将他赶出殿外，怀恩派人警告审理此案的镇抚司，他们巴结梁芳而排挤林俊，如果林俊死了，他们也活不下去。怀恩则径自回家，称病不出。朱见深平息怒火后，还派医官去探视怀恩，最后还是释放了林俊。当时碰巧发生星变之事，
朱见深下令罢免所有的传奉官。御马监王敏请求保留马房传奉官，朱见深同意此事。王敏去拜见怀恩，怀恩却将他大骂一通，称发生星变就是各传奉官败坏国政的结果，如今正要改正，却被王敏破坏了，王敏应当遭天打雷劈。王敏因此又愧又恨，没多久就死去。
有个名为章瑾的人进贡宝石，想要谋求
锦衣卫镇抚使的官职。怀恩坚决反对，表示镇抚使掌管诏狱，不能让人行贿买卖。尚书王恕以敢于直谏闻名，怀恩欣赏他，经常感叹天下忠义之士，只剩下此人了。梁芳等人奢侈浪费，国库被挥霍一空，
朱见深不悦，曾言自己不与他清算，自有后人与他计较。暗指东宫太子朱佑樘。梁芳等人内心忧惧。当时朱见深钟爱兴王朱杬，于是明宪宗末年（1487年），梁芳等人联合
万贞儿，劝朱见深易储，改立兴王。朱见深被宠妃万贵妃蛊惑，打算废立太子，怀恩坚决反对此事，触怒朱见深，从京城被赶到凤阳（今安徽省凤阳）司香。
成化二十三年（1487年）八月，明宪宗驾崩，皇太子
朱祐樘于继位，大赦天下，史称明孝宗。朱佑樘将怀恩召回京城，仍然让他执掌司礼监。怀恩劝谏朱佑樘将内阁首辅
万安驱逐，任用大臣
王恕。群臣聚集于朝廷，最终将万安逐出宫外，这都是怀恩的功劳。后来怀恩去世，朱佑樘下令为其建祠并赐祠额名“显忠”。
明人
沈德符在《
万历野获编》中评价怀恩，认为明孝宗能顺利即位称帝，怀恩当居首功。
清朝政治家
张廷玉在《明史·宦官传》记载，怀恩性格耿直忠贞，不屈不挠。
怀恩，
成化年间著名宦官，本姓“马”，南直隶苏州人。无从查证怀恩的家人在何时出于何种目的更改姓氏，到他父亲时，其家族已经改姓“戴”，并迁居山东高密地区。
据《明史·五行志》记载，成化十二年（1476年）七月，京城天空出现黑气，有在室外住宿的百姓，见到长着金色的眼睛，长长的尾巴的怪物，怪物的外貌像是犬狸，背着黑气从窗户进入内室，室内的人就会昏迷不醒。满城的百姓惊恐扰嚷，点灯敲鼓想要驱逐怪物，没有成功。
朱见深在朝见百官时，奉天门的侍卫见到怪物，也喧哗起来。朱见深也慌乱的打算起身逃跑，怀恩却很淡定的护卫皇帝，直到众人安定下来。
民间传说中，
朱祐樘朱祐樘的母亲纪氏受宠怀孕后，被
万贞儿得知，百般加害，想要毒死皇嗣。是怀恩和被废黜的
吴皇后、宦官
张敏等人的共同保护，使得朱祐樘平安降生。他出生之时，头顶一寸没有头发，据说就是万贵妃曾经赐给的药汤中有毒，由母体损害了胎儿。
怀恩被列为明代为数不多的贤宦之一。在怀恩去世后，他的牌位被放在“
显忠祠”以示纪念。