二尊院（にそんいん）是位于日本
京都右京区上
嵯峨天皇的天台宗寺院，正式名称为小仓山二尊教院华台寺。该寺供奉
释迦牟尼和阿弥陀如来，因此得名二尊院。寺院创立者为圆仁，嵯峨天皇曾为其发起愿。寺内有著名的红叶名所“红叶之马场”参道，以及据传为
藤原定家时雨亭遗址的西行之庵。每年
日本枫叶观赏季节，二尊院都吸引了大量游客。
承和（834～847）年中，嵯峨天皇于小仓山山麓建华台寺及二尊教院，后来堂宇荒废，
法然上人至此结草庵，其弟子正信房湛空再建堂舍，未几，成为天台、真言、律、净土兼学的道场。宽喜三年（1231）十月，
土御门天皇驾崩，遗骨葬在该山。应仁年间（1467～1468）遇兵火，诸堂被烧毁。永正、享禄年间（1504～1531），第十六世向诸国劝募，期再兴堂宇，后得三条西实隆的援助，重建本堂、方丈室等。现存的本堂系永正十八年（1521）所建，挂有后柏原、后
奈良县两天皇所赐的匾额。
明治维新以后，为天台宗延历寺所辖。
寺中的堂塔，除了本堂之外，另有安置
法然上人画像的足曳堂，以及
嵯峨天皇、土御门、御嵯峨三天皇的御塔，与法然上人庙（一说是湛空上人塔）等。此外，寺中藏有不少佛像、绘画等珍贵文物，并有源空所写的‘七个条起请文’。