富里乡在
新石器时代的中、晚期，大约距今五千到七千年前，已有人居住，乡内目前已发现十几处遗址，其中以公埔遗址最负盛名，在1930年代由
日本的研究学者
鹿野忠雄所发现，所以用当时的旧称"公埔"来命名，现被列为国家三级古迹。
在新石器时代的中、晚期，本乡境内同时存着两批不同文化的人类，一批是来自东海岸的
麒麟文化人，另一批则是来自台东平原的
卑南乡文化人，他们先后来道
富里乡境内，留下丰富的遗址和器物。
公埔遗址的巨石墙，是麒麟文化一个很重要的特征，但是在这个
文化遗址里，也发现数量很多的卑南文化人所制造。使用的陪葬陶器，乡内还有许多遗址，都拥有与公埔遗址的特征-那就是两种文化器物同时并陈在一个遗址区内。除了
新石器时代的丰富遗址，富里乡境内也有许多
铁器时代的人类所留下的遗物，阿美族人在
汉族入垦本乡之前，至少已经在此乡居住千年以上，所以乡内许多地方都有阿美族人使用过的陶器与居住遗址.