设有急诊科、门诊部、精神科、
心理咨询、司法鉴定科、老年科、康复科、睡眠研究中心、临床心理科、内、外、妇、
小儿科，中医科、
皮肤科、口腔科、戒酒科、综合科、手术室、医技科（心电、脑电、超声诊断等）药械科、检验科、影像中心、TTM体检中心。
2020年10月26日，为进一步推进健康中国行动之心理健康促进行动，做好新时期的援疆工作，
北京大学第六医院进一步深化与乌鲁木齐市第四人民医院（新疆精神卫生中心、新疆精神卫生研究所）帮扶合作工作，2020年10月23日上午，“北京大学第六医院对口援疆医院”揭牌仪式在乌鲁木齐市第四人民医院举行。
2021年1月，乌鲁木齐市第四人民医院第二党支部荣获“
新疆维吾尔自治区先进基层党组织”称号。