姚锦仙的教育历程始于河南信阳陆军学院的军训阶段，随后进入
北京大学深造。她在1991至1995年间完成了北京大学生物系生态与环境生物学专业的本科课程，获得理学
学士。之后继续在同一所大学的生命科学学院攻读硕士和博士学位，分别在1998年和2005年获得了生态学和
动物界专业的理学硕士学位和博士学位。
姚锦仙自1998年起在
北京大学生命科学学院开始了她的科研和教学工作。在此期间，她曾在2002年至2003年作为访问学者前往美国
图兰大学地质系进行学术交流。此外，她还参加了多次重要的科学研究项目，如
中国大洋矿产资源研究开发协会DY115-21航次的大洋科学考察和美国NIH举办的“保护遗传学最新进展”培训。
姚锦仙教授的课程涵盖了多个层次的学生群体，包括本科生的专业选修课“脊椎动物比较解剖学及实验”和全校通选课“人类性、生育和健康”。她也曾参与并主讲了多门研究生和本科生的必修课程，如“行为生态学”、“动物生物学实验”、“烟台生物学教学实习”和“生态学专业大实验”。姚锦仙积极参与教材编写和翻译工作，并因教学成果获得了多项荣誉，包括“
北京大学青年教师多媒体技术教学”
三等奖、“北京大学优秀班主任奖”、“北京大学
社会工作单项奖”和“北京大学教学集体
二等奖”。
姚锦仙的研究兴趣主要集中在进化生物学和保护生物学领域。她的研究课题广泛，包括早期生命演化的探索、极端环境微生物学（特别是热泉蓝藻）的研究、动物比较形态学以及现生浮游生物多样性的分析。在国际交流合作方面，她曾在美国
图兰大学地质系进行早期生命演化的研究，并在中国大洋协会的支持下参与了海洋科考项目。此外，她还在国家自然科学基金的支持下开展了相关领域的研究工作。
姚锦仙致力于研究热泉蓝藻这一特殊微生物群落。她对云南腾冲热泉中的蓝藻进行了形态学、分子生物学及生物地理隔离机制的研究，并将这些研究成果与化石蓝藻的化石化过程相比较，以期揭示
地球早期蓝藻的化石化机理。
姚锦仙对我国特有且濒临灭绝的
两栖动物——版纳鱼螈进行了深入研究。她采用了野外生态学调查和
线粒体基因片段测序等多种方法，旨在了解这种动物的地理分布、
种群遗传结构、生态学适应特征及其起源演化等方面的信息。
姚锦仙的研究团队通过对天山地区下寒武统玉尔吐斯组和西山布拉克组中的微体化石进行研究，试图理解寒武纪大爆发时期的微体浮游植物和
动物界多样化之间的生态关联，并验证相关的古生态学假说。