瑶岛祠，位于涵江区青山上，是一座“三一教”祠堂。该祠于明万历三十六年（1608年）由“三一教”嫡传门人卢文辉（涵江人）创建。2006年，瑶岛祠先后被涵江区人民政府和莆田市人民政府公布为文物保护单位。

明嘉靖(1522-1566)，莆田城内赤柱巷人林龙江创立“三一教”，在莆城东岩山上建第一座三教祠，称祖祠。林龙江仙逝后，他的嫡传弟子，涵江人卢文辉继续弘扬“三教”教义。涵江桂岭(今后度)方氏有人信奉三一教，把家族部分废毁堂庙捐献给三一教。卢文辉于明万历三十六年(1608)冬，在后度青璜的荔根山废堂庙上创建瑶岛祠(又称瑶岛书院)崇祀教主林龙江。

崇祯十七年(1644年)，“三一教”二传陈衷瑜扩建、整修。

清顺治十六年(1659年)秋，“三一教”三传董史增建“五子祠”，占地10余亩，为莆田市“三一教”重要活动场所。祠前有数十米长照墙，建有人工池（放生池）、天桥。祠内建有丹、天井。大厅宽大，奉祀“三一教”教主林龙江，左右配祀卢文辉、陈衷瑜、董史。后进为“五子祠”，一排中厅，两廊回抱。

1939年7月被日机轰炸，后修复。瑶岛祠年久失修，于1994年初拆除。瑶岛祠规模宏大，不亚于东山祖祠，被教徒们称为“大宗”。

1995年4月，北京市5位国家级文物专家来莆田考察文物，当他们考察瑶岛祠时提出疑问：瑶岛建于明代中期，但有些构件却有元末明初风格，应该是瑶岛祠前身堂庙的遗物。瑶岛祠有一对方柱，阴刻楹联：“出震原东山一脉。体乾展瑶岛三门。”后度方氏明初迁入莆田市的先祖名方体乾，也可能说明瑶岛祠原来的地块乃方家所献。

瑶岛祠占地十余亩，祠前有一堵长几十米的照墙，如屏风一样隔开祠宇内外。祠外树林郁茂，碧野田畴，一泓水池，波平如镜。池旁绿茵草地，石径通幽，中间一块青石上刻上隶书12字：“客已去，坐山间，江月小，翠光寒”玲珑优雅，令人流连。水池旁一座曲形天桥，石阶30余级，以铁链为栏杆。拾级而上，极目远眺，可望三江口港檐，望江平原纵横阡陌，囊山的层林，雁阵的塔影；天桥之下，山坡上青松翠柏，松涛阵阵，瑶岛祠左边墙外是泓水池，雅称“偃月池”，围墙上嵌一方石刻，刻“放生池”三字，倒映水中，在涟漪中晃荡。池上有一座座玲珑石桥，雅称“卧龙桥”。祠周围果园相望，枝叶纷披，果香回溢。祠内廊庑繁花似锦，香气袭人，瑶岛祠真是洞天福地。

祠主体建筑四进，中轴线依次为头门殿、天井、二殿、天井、主殿(又称先生厅)、后院、五子祠。自头门殿直至主殿两边是两条长长的廊庑。整体建筑坐西朝东，各殿均为抬梁悬山造，面阔五间。瑶岛祠各殿金柱、立柱都很高大，民间相传：瑶岛祠石柱一百根，数来数去九十九。特别是主殿石柱十分高大，顶端卷杀，仰盆式柱础，十分古朴。

主殿中间有一座神台，神台上塑林龙江坐像。神台须弥座宽大，造型极为独特，线条简畅，构图奇巧，有“卍”和“阴阳双鸟”图案，给人以很强的神秘感，大门前一对抱鼓石，青石雕刻，鹤鹿图案，形制大，雕工精，在莆田市属少见。

主殿后是高出一米的“五子祠”。“五子祠”前有一个长方形砖埕，这里“荔根盘错，垒垒升地，耸叠如山，树坐其上”。一块大石板，下垫两石如床，雅称“醉仙床”;卧在床上，清幽惬意，是夏夜乘凉的好地方，石埕上有棵老荔枝，树分三枝，人称“三心合一”，寓“三教合一”，五子祠奉祀孔子、释迦牟尼、老子、孟子和庄子，故称“五子祠”。两厢是“通微宫”和“无三宫”，分别奉祀林龙江两位亦师亦友张三丰和卓晚春。

1924年瑶岛祠后进五子祠辟为涵江公立中学（莆田第六中学前身），随着学校规模不断发展，头门殿作了体育室，二殿与先生厅成了膳厅，上世纪五、六十年代，全校师生集会也在这里以班为单位席地而坐，而五子祠辟为学生宿舍。祠外的附助设施经长年改造全成为操场。瑶岛祠夹在莆田六中校舍之内，不再是宗教活动的场所。

由于长年失修，瑶岛祠成为危房。1994年经有关部门协商，莆田市文物管理委员会下文件，决定异地迁建瑶岛祠。2000年，新瑶岛祠在瑶岛祠原址数百米之处动工重建，其朝向、布局、建筑风格完全按旧制进行。莆田第六中学全数移交原构件。主殿很快完工，继之二殿，头门殿与两廊庑也先后竣工。2006年又再建五子祠，于年底全部落成并雕塑神像，油漆彩绘一新。由于瑶岛祠使用大量原构件、梁、枋、、斗拱等，皆依明代营造法的规格，样式一一施工，符合古建筑迁建的做法，2006年瑶岛祠先后被涵江区人民政府和莆田市人民政府公布为文物保护单位。