长崎港，位于日本长崎县长崎市，是一座被指定为重要港湾的港口，由长崎县政厅进行管理。该港口还定期举办众多活动，如长崎帆船节等。

从港的形式被招呼为“丹顶鹤港”。江户时代的江户幕府进行锁国政策，长崎港成为全日本为一对外开放的国际贸易港，因此繁荣一时。明治以后，成为日本对上海市主要的贸易及旅客往返航线。现在，则是作为旅游地长崎的门户、还有与多个离岛之间的交通要地，在长崎县的地理交通位置占了重要的地位。

1571年、开港。葡萄牙船只的停泊地。

1636年、港内筑造人工岛出岛。

1857年、幕府时代设置长崎铁所。现在的三菱重工长崎造船所的前身。

1859年、开港地设置凑会所（现在的“长崎税关”）。

1930年、长崎港站启用（1987年废止）。连接来自上海航线直达列车的门司站(现在的门司港站) 开始运行。

1986年、2001年长崎市的都市文艺复兴活动构想开始。

2005年、女神大桥道路开通。