昌源河是武强溪昌溪的主要源头之一，昌溪起源于浙江天目山西侧，分为昌源和华源两支。昌源河流经多个地区，最终在深度镇汇入新安江。

昌源河的主源昌源自清凉峰至搁船尖一带山峰的西麓流出，其正源汇集了小岫源、溪河源等多个水源，在老竹岭脚下形成。河水向东流经老竹铺，途中接纳了来自南方的三阳站。继续向前，经过白石源路口时，北方的大溪源（也称白石源，发源于清凉峰，全长约8公里）加入河道。在三阳坑处，南北两侧分别有梅溪和柏川河（发源于金川乡汪岭，全长约11公里）注入。随后，水流穿过王家庄，接收到来自南方的英坑河（发源于英坑，全长约11公里）。到达杞梓里后，又有小溪河（发源于湖田山，全长约16公里）从北方汇入。接着，河流通过唐里村，西山下的周坝河（发源于何家坞，全长约8公里）随之流入。在石潭附近，昌源河与华源河交汇。最终，昌源河在深度镇汇入新安江。昌源河全长约为66.6公里，流域面积约160.4平方公里，平均坡度为4.9‰。