马科，
西宁市人，明崇祯时期将领，以偏裨平流寇积功至总兵。以敢战著称，仅次于
曹变蛟。北京失陷后降于
李自成，大顺军失败后又投降清朝。
五年（1632）春，混天猴陷
宜君县、州，其夏攻合水。马科以参将追寇至甘泉山。七月破之延水关，斩首六百二余级。其地东限
黄河，贼溺死者无算，科部卒斩混天猴以献朝廷。
李自成欲入
四川省，科与曹变蛟败之，并穷追之至潼关，参与
潼关南原之战，大破之，李自成以十八骑逃亡。旋任
山海关区总兵，从洪承畴援
锦州市，科驻防
塔山，清将
爱新觉罗·济尔哈朗率兵至城下列
红夷大炮攻之，明军杀死佐领崔应泰，参领迈色，城坏二十馀丈，清军悉登，遂克塔山。
北京失陷后投降了李自成，被封为怀仁伯。不久与投降的辽东巡抚
黎玉田领兵一万远征
四川省的明朝势力。
此时
张献忠已经在成都称帝所以不能容忍大顺军的势力在四川，所以他亲自领兵击败了马科，迫使大顺军退回了汉中。
弘光元年（1645）正月，科与
贺珍领兵至
褒城县，攻
大西军于
广元市，大西军屠广元而走。张献忠命令刘进孝屠杀保宁，贺珍的部将严自明、郑天禄大肆劫掠保宁而回。