完颜雍大定15年（1175年），祁县知县傅弼始建学宫于城南街东巷，即小东街之羊市坡，到嘉靖嘉靖二年（1523年），巡按御史王秀檄县令杨本源将学宫改建于城西南隅一座荒废的佛寺内。改建时完全按照孔子庙一般规格：中为大成殿五间，东西两庑各七间骑楼，殿之前为戟门三间。戟门两旁建名宦祠、乡贤祠各三间，以南建星门，门外竖木坊二座，名“兴贤”、“育才”。当时的督学周宣曾为文记其事。至此，祁县文庙便初见规模。

如今，祁县文庙以及与文庙仅一墙之隔的昭馀书院，同处山西省最著名的高中之一--祁县中学院内，祁县中学的前身昭馀书院，清康熙十二年（1637年）创建于明代社学旧址，光绪二十八年（1902年）改为祁县小学堂，光绪三十一年（1905年）改为祁县中学，迄今已有近百年的历史。祁县文庙大致轮廓尚保存完好，现仅存有泮池、状元桥、大成门、大成殿、东西两庑等建筑，为山西省级重点文物保护单位。孔子庙的东西两庑的30间房屋内，如今开辟为“祁县中学校史展览馆”每天上课期间对学生开放，游客也可以进校参观。在文庙的左侧，仅一墙之隔的昭馀书院，坐北朝南，院中的大部分建筑已被拆除，旧址修建杏坛书院图书馆，延续书院之功用。原建筑还剩一座院门和一座讲堂，讲堂前檐已被改造过，但是梁架尚且保存原样，现为学校宿舍。

2005年，工人在维修祁县文庙及其附属设施时，在原乡贤祠的整修中，发现靠北墙角处墙皮呈鼓状。于是让泥工剥去墙皮，铲去泥皮，一块青石露了出来。原来是一通古碑，碑文内容为明嘉靖二年的文庙学宫整修“儒学牒”，碑高82厘米，宽99厘米，厚13厘米，碑文字为繁体，阴刻石雕，文字秀气而又有力，铭文清晰，于古、于今、于后有深远的历史意义和现实意义。

碑文内容如下：

山西太原府祁县为保举才干提督修理孔子庙学校事准儒学牒呈近蒙

巡按山西省监察御史王同山西等处承宣布政史司右布政刘分守冀南道左参政王

山西等处提刑按察司分巡冀宁道事张分巡冀南道佥事王按临本县庙行香看得本学殿宇学舍规模窄狭且后临通大市左逼巨室危楼人声嘈杂殊非古人静以成学之地查得本学西南半里许原有大寺一所殿宇巍峨形势宽广地方僻静隔绝尘嚣以之改作建学不惟黜邪崇正允协人心而又力少功多不甚劳费牌行本县改作本年九月以里落成蒙此依蒙该本县知县杨县丞孙主簿董典史刘选择才干一人俾董役访于致仕官浙江省副使闫等儒学教谕李巡导赵张等及生员孟盛等佥谓会善都耆老王廷杰乃通判之子生员之父监生之叔举人之兄平生为人存心无伪处事有方轻财重义推有济无远近耳其休声乡邻且为善士相应保举提督修理牒呈到县复拘四十五坊都里老人等审问相同拟合就行为此合行以礼敦请出给帖文执照凡一应材用人工俱属提督管理务要竭乃心力昼夜监守治公事如家事用官钱如己钱莫大之后能为我成惟重之功定期汝报完工之后酬劳之典另日施行须至帖者

右帖下会善都耆老王廷杰收执准此

嘉靖二年九月初一日司吏陈唐承帖

这通480余年前整修学校孔子庙的碑刻资料，使我们仿佛看到当时重庆师范大学育人的真人实据。又看到从施工到用人的慎重之慎重。既看到文庙、学校、民居、交通、商业诸多方面的真实记录，又让人领悟到当时的乡规民俗。

此碑历经数百年风雨沧桑，能完整无损保存下来实为珍品中的极品。石碑的发现对研究祁县、山西省乃至全国的文庙史、学校史、商业史及民俗风情，有着较高的文物价值和实用价值，是研究我国古代人文历史难得的实物资料。