二祖庵，位于登封市登封市嵩山少林景区寺旅游景点常住院对面的少室山钵盂峰顶，是少林地区最高的建筑。因庵与其北的初祖庵相对，故当地人称之为“南庵”。

据旧志载，相传禅宗慧可立雪断臂后到钵盂峰顶养伤修炼，后寺僧为纪念二祖慧可而建此庵。庵创建的年代大致和初祖庵同时，为北宋后期。这里环境幽静，风景宜人，殿前庭院四角有水井眼，「水皆冷冽，相去咫尺，水味各别」，人称「苦、辣、酸、甜四眼井」，相传是达摩用锡杖所开，因名「卓锡井」，又名「卓锡泉」。

据《魏书释老志》载，拓跋宏於太和十九年（西元四九五年）敕少室山为印度僧人跋陀立寺，寺名登封市嵩山少林景区。孝昌三年（五二七年）菩提达摩至少林寺，在寺西山麓石洞中面壁九年，以四卷《楞伽经》教授学者，创立禅宗，传法慧可；所提倡的「见性成佛」，即「静坐默悟，明心见性」，与儒家宣扬的「修心养性」相契，风行海内，故而在佛教史上尊菩提达摩为中国禅宗初祖，慧可为二祖。慧可大师，洛阳市人士，幼年出家，通晓儒、佛经典。四十岁礼达摩为师，得师精髓，承师遗志，恢宏达摩禅法，李适追赐「大祖禅师」号，为中原地区禅宗第一人。

二祖庵坐北向南，长34米，宽28.5米。它原是一座完整的四合院，前有山门，东西有配殿，北有正殿。山门内供韦驮，亦称韦驮殿；西配殿内供紧那罗，亦称紧那罗殿；东配殿内供菩萨，亦称菩萨殿。山门及东西配殿早已毁，仅存正殿。正殿名二祖殿，为硬山式建筑，面阔三间，前檐下有明柱两根。

殿内供慧可塑像。二祖庵在明嘉靖、万历、天启、崇祯及清康熙、爱新觉罗·旻宁时曾修。1988年，又重修二祖庵大殿，1990年又在原山门处建门庭式简易门一座，并重建了围墙。

在二祖庵殿东檐下有明代天顺六年（1462年）正月铸造的大铁钟一口，为二祖庵住持僧江耐化缘铸造。大钟周围铸有铭文，钟重一千斤，有八唇，刻八卦。此钟至今保存完好，钟声响亮。

二祖庵院内有古井四眼。四眼古井传说为二祖慧可卓锡而成，因名“卓锡井”或“卓锡泉”。据旧志载，四井水味各异，故当地群众称之为“苦、辣、酸、甜”四眼井。四眼井实为人挖的井，卓锡得井仅为传说。金末元初杨奂“卓锡泉”诗云：“至今卓锡地，莹澈有遗泉。”明宣德二年（1427年），周鉴《游少林寺诗》有“山遗卓锡泉”。又明万历九年（1581年）王士性《嵩游记》载：“泉相去丈许，味各异。”由此，古井至迟凿于金末，最少有700年的历史。

庵内还保存明清古碑九通和古柏多株。二祖庵前有建于唐万岁登封元年（696年）的无名塔、元代泰定元年（1324年）的缘公庵主之塔以及明崇祯二年（1629年）的隐光璞公之塔等三座古塔。在二祖庵院内存有明嘉靖、万历、天启、崇祯及清康熙、爱新觉罗·旻宁石碑九通，都为记载重修二祖庵的碑刻。

庵南约500米处有一高突的山崖，《少林寺志》云为慧可养伤“经行处”，又称“养臂台”、“炼魔台”，晴天在台上举目可望伊河、南洛河和黄河。

2021年1月13日起，嵩山内登封市嵩山少林景区常住院、初祖庵、二祖庵、嵩山大法王寺、中岳庙等宗教场所暂停对外开放。