黄敦在
清华大学机械系担任助教，后在北京大学数学力学系担任教员、教授、博士生导师。他还在航空工业部第五研究院兼职研究员，
北京大学数学研究所担任教授、副所长、党支部书记等职。曾兼任
中国核学会计算物理学分会副理事长、《计算物理》副主编。
1944年考入
国立西南联合大学，1948年毕业于清华大学机械系并留校担任助教。1949年加入中国共产党。
1951年，他作为业务骨干成为解放后第一批选拔派遣赴
苏联的留学生，1956年毕业于苏联
莫斯科国立大学力学数学系，获得苏联物理数学类副博士学位。
黄敦在科研领域有显著成果。1985年，他获得国家教委科技成果
二等奖，并被评为国防军工协作先进个人。1987年，他参与的项目获得国防科工委国家科技成果
一等奖。