该剧集主要延续上一部《霹雳开天记之创神篇下阕》，讲述了六王开天已破局，怪贩妖市之中的恩怨情仇即将终结。然而，异识乱祸，神秘的魔吞不动城突然现世，九轮天蠢蠢欲动，世局倾危，魔吞天下。
创神终篇，武林大势丕变，又将进入全新局面，
燹王、
阎王爷、金瓯无缺、君海棠先后亡故，六王去其四，开天大计，或将了结；异识晶源离体，隐伏未出的鬼方赤命，深藏不露的
紫衍神钜，而此时身受重创的中原领袖素还真，又将面对接踵而来的危机。
三足情缘，面临最终考验，却尘思欲偕缥缈月连袂退隐，遭逢初心不复的
鹤白丁强势阻拦；无上崇真、流书天阙、一际云川，三足所带出的三教势力，将如何介入这段情仇纠葛；埋藏三教机密，被三教衔令者秘传藏世的三教本源，它的出现，又将牵引出怎样的故事。
妖市皇权更迭，随着战栗公败亡出逃，深海主宰双戒在握，重掌妖市，而一意整顿纷乱局面的龙戬，面对秋赦禁地疫病肆虐，在
军师盗天下的辅佐之下，奋力解决这项隐忧；暗处蛰伏的藏魂家族，他们的出现，将使妖市掀起波澜。
魔吞不动城巍然现世，苦境再现新组织，面戴异端兽谱的神秘武者，甫出手，便令
原无乡、倦收天先后惨亡，更杀枯九泉、寻衅创罪者，令正邪两道，同感震撼，异谱之下，真面目却十分惊人。
是天命难违，更是天意底定，
赮毕钵罗身负圣任，将揭开神秘的异卷记载，在此同时，九轮天蠢蠢欲动，势将降临，毕钵罗能否顺利继承
侠菩提的遗志，带领中原群侠，阻止这场灭世危机。
霹雳剧集求新求变，在音乐上也力求创新，以更多元化的风格呈现。幕后歌手一直是布袋戏很重要的传统元素，从《霹雳侠影之轰霆剑海录》到《霹雳谜城之九轮异谱》，一直尝试在唱法上呈现比较多元的面向，也尝试加入了些东西方的新元素。