CPO作为一种
单体存在于pH值为中性的溶液中，分子量约为42kDa。它是一种血红素糖
蛋白质，大约含有25%—30%的
糖类化合物，以
氨基葡萄糖和阿拉伯糖为主。在
氨基酸组成成分上以
天门冬氨酸、
谷氨酸、
丝氨酸和
L-脯氨酸残基为主，约占氨基酸总量的45%,还有25%—35%为非蛋白质。CPO的辅基是高铁(IX)原
卟啉，与过氧化物酶超级家族中的其它成员相似。然而，大量研究表明,CPO在结构和催化活性上与普通的血红素过氧化物酶有较大的差别。CPO中铁卟啉环上的第五轴向
配体是
半胱氨酸的硫原子，而不是在大多数血红素过氧化物酶中发现的
组氨酸的
氮。而且CPO是以谷氨酸而不是组氨酸来作远端酸碱
催化成分。这两个特点是明显有别于其它过氧化物酶的地方[。CPO独特的活性位点结构在已知的血红素过氧化物酶中是应用范围最广的
多酚氧化酶。它既有血红素过氧化物酶的活性，还有
过氧化氢酶和细胞色素P-450的活性。