1960年冬，刘慈群在中国科学院兰州地质所成立了渗流力学研究室，并与
郭尚平、李永善、黄延章等同志一起承担并完成了石油工业部的多项科研任务。他参与了
大庆油田开发工作组，完成了
萨尔图区中区开发研究设计中的渗流研究和计算任务。
1967年，由于一些原因，
中国科学院力学研究所渗流研究组解散，刘慈群为了能够继续从事渗流力学研究，先后在国家地震局兰州地震大队、中国科学院兰州冰川冻土研究所等地工作，直至20世纪80年代初中国科学院兰州渗流力学研究室重建。
1987年，
中国科学院渗流流体力学研究所成立并迁至
河北省廊坊市，刘慈群从此一直在渗流力学研究所工作，直到1992年退休。