1965年，薛芳渝考入
清华大学电子工程系，1970年毕业。1972年至1985年，在
清华大学化学与化学工程系历任助教、讲师、副教授。2002年起，薛芳渝改任清华大学图书馆馆长，
中国图书馆学会常务理事、中国图书馆学会高等学校分会副主任委员。
薛芳渝长期从事物理化学的教学及科研工作。其主要研究领域为溶液化学、化学热力学、表面化学。在图书馆任职期间，他关注国外图书馆管理研究最新进展，研究文献资源建设特别是数字资源建设、用户服务与评价、信息咨询、资源共建共享、学科馆员和信息素养教育等，积极推动高校图书馆事业的发展和国内外高校图书馆界学术交流。