光绪四年（1878）清军定回疆，设“东四城善后总局”。光绪十年，裁撤库车办事大臣，置库车直隶州，隶属于
阿克苏市道。州本辖回庄一百二十六。清末，库车直隶州领一县：
中华民国成立后，废除府、州，改行省、道、县制。1913年，库车直隶州降为
库车市。
库车直隶州的辖区大致包括现今的库车县、
沙雅县和
新和县地区。在
清代末期，库车直隶州下辖有沙雅县，该县辖有六十四回庄。库车直隶州还设有驿站和卡伦，共计190处村庄。
据1913年的统计，库车直隶州的居民总数超过74000人，其中
维吾尔族占多数，
回族和
汉族为少数民族。当地居民主要从事农业生产。