孙建君的职业生涯始于1983年，当时他参与了国家重点图书“当代中国丛书”《
当代中国的工艺美术》的编辑与撰写工作，该书由
中国社会科学出版社于1984年12月出版。1987年，他成为国家重点图书《中国大百科全书·轻工卷》
工艺美术分支的编写组成员，并因此获得中华人民共和国新闻出版署颁发的“荣誉证书”。1990年，他在
国家社会科学基金项目《中国民间美术全集》中担任编委，并负责《木偶皮影卷》和《面具脸谱卷》的主编工作，这些作品分别由
山东教育出版社和山东友谊出版社于1995年3月出版。他还获得了多项奖项，包括中共中央宣传部精神文明建设“
五个一工程奖”优秀作品奖、
中国艺术研究院优秀科研成果评奖特别奖、国家社会科学基金项目优秀成果
一等奖。同年，他被聘为艺术学科国家重点科研项目《中国美术史·隋唐卷》
工艺美术部分的撰稿人，该书由
齐鲁书社和
明天出版社于2000年12月出版。1993年，他又成为了国家重点图书《中国现代美术全集·陶瓷卷》的撰稿人，该书由
江西美术出版社于1998年6月出版。2002年，孙建君参与了国家重点图书《中国美术分类全集·古代织染刺绣服饰全集》的编纂工作，并作为“织染卷”的撰稿人，该书由
天津人民美术出版社于2003年出版。此外，他还参与了《
中国大百科全书》（第二版）工艺美术条目的编纂工作。自1997年10月起，孙建君担任
中国工艺美术学会民间工艺美术专业委员会副主任委员。2002年1月起，他开始担任中国工艺美术学会理论委员会秘书长。自2006年起，他成为
中原地区非物质文化遗产保护工作专家委员会的一员。
孙建君在中国民间美术领域的研究成果丰富。他的研究涵盖了民间美术的生存基础、造型特征、图案纹样及其历史演变等多个方面。他主编了一系列关于中国民族图案艺术、刺绣、陶瓷、雕刻、年画、剪纸、面具、脸谱、木偶、皮影、灯具等民间美术作品的鉴赏画册与学术著作。这些作品不仅为学习民间美术提供了丰富的素材，也为保护和传承中国优秀的民间艺术做出了贡献。同时，孙建君还致力于将中国民间美术置于更广阔的文化背景下进行研究，重点关注其与民俗文化、戏曲文化、宗教文化以及设计文化的联系。他主编并编写了多部相关著作，并发表了多篇论文。在教学方面，孙建君编写了首部中国民间美术教材——教育部规划教材《中国民间美术》，并在全国30余所院校推广民间美术课程教学。另一部高等院校艺术专业民间美术教材《
中国民间美术教程》（50万字）也由
天津人民出版社于2005年12月出版。