破界篇是第二次超级机器人大战Z的前传，发布于2011年4月14日，其后在2012年4月5日发布了该作的后传《第二次超级机器人大战z再世篇》。作为
机战20周年纪念作，本次的参战作品数量多达34部，一举超越第3次Alpha成为"史上最强的机战"。虽然是掌机上的机战，但是各个超人气作品的华丽演出还是让玩家感受到制作方的诚意。本作也是继F和Compact2之后另一作分开几部发售的机战（但是破界篇本身也是一个完整的故事）。
原本没有
交集的多个平行世界，因为大时空震动的缘故，分隔它们的壁垒被轻易的破坏了。于是，各个平行世界通过分裂和融合，产生了数个多元世界。
故事发生在这些世界之一的
地球。大时空震动发生20年之后，世界在秩序下逐渐形成了社会，但是，局势还远没有回复平稳。大国之间围绕着
霸权展开的互相对峙，小国之间的纷争，政府军和抵抗组织的冲突，地球国家和
宇宙殖民地的对立，
恐怖主义横行... 而且，人类还面临着共同的敌人，不时从异次元出现的神秘生命体，次元兽。而被人们认为是自然灾害的次元兽，它们造成的破坏正在逐年递增。
尽管许多人怀着不安和愤怒的火种，今天的世界依然不断地前进。未来等待着的，是一场称为变革的战斗风暴...
某日，欠下巨额借款的男人克罗乌・布鲁斯托，为了高额的报酬而成为对次元兽用机动兵器普拉斯达（ブラスタ）的测试驾驶员。为了替普拉斯达收集战斗数据，克罗乌与各方势力接触。“使用武力根绝战争”为目的的天人、新能源“光子力”为动力的超级机器人・魔神Z、新的异世界转移过来的宇宙移民船团的民间军事组织S.M.S、以解放布里塔尼亚支配下（部份）的
日本为目的的黑色
骑士团……。他们各有不同的理念，在国连平和维持理事会代表艾鲁坎‧罗迪克呼召下特别国际救助队ZEXIS结成。克罗乌亦是其中一员。
与世界各地恐怖份子及人类共通的胁威次元兽对抗的ZEXIS，除了要应付三大国家潜伏的阴谋外，还有怪人艾姆‧莱伊哈特在暗处阻挠克罗乌。此时，小国利摩涅西亚所引起的时空灾害“灾难之浴（カラミティ・バース）”，导致统领次元兽的破界之王‧凯欧乌来到这个世界。在其压倒性的力量前ZEXIS无反击之力，被迫撤退。凯欧乌和他的跟随者发表“新帝国英佩利姆”的建国宣言，并随意的重复进行破坏活动。
在灾难之浴的影响下除了凯欧乌下，从恶魔之手中守护了各个多元世界的战士们ZEUTH也被呼召到这个世界。与ZEUTH的成员成为同伴后的ZEXIS战力增强，已准备升起对英佩利姆反击的狼烟了。