慈云寺遗址位于重庆市九龙坡区走马镇慈云村西的山林之中。

慈云寺遗址是重庆地区目前发现的保存最好的寺庙遗址，其主要由寺庙基址、围墙、墓群和石桥组成，其后还有一处竹林院，包括禅院、墓群和窑址三部分，遗址面积总计约30000平方米。

慈云寺始建于唐朝，历经宋、元，到明清时期香火旺盛，禅宗汇集。

2009年，一块湮没于山林野草中的石碑被偶然发现，墓碑文字记载着一位明朝人游历慈云寺的经历。石碑为考古专家们寻找古刹提供了线索，2012年，市文化遗产研究院终于在距离石碑数百米之外的慈云山观音庙山腰上，找到了已被掩埋在泥土中的慈云寺遗址。

2012年对慈云寺遗址进行了考古发掘，在综合历史文献、遗址和墓群的碑刻题记后，推断出慈云寺始建于唐代，历经宋、元、明、清四朝。

明代慈云寺兴盛一时，后毁于战火，在清代和康熙得到了重建扩建，从而形成现存规模。慈云寺在民国尚存，但到上个世纪50年代末被彻底毁坏形成废墟。

与平原地区的寺庙不同，慈云寺是依山而建，整个寺庙坐西北朝东南，从东南往西北中轴线上依次为前殿、院落、大雄宝殿以及观音殿遗址。

慈云寺墓群由两处墓地构成，深藏于遗址两侧的山林之中，为宋代至清代慈云寺主持、长老及僧人墓地，有崖墓、石室墓和石围土壕墓三种形制，分布面积约为6600平方米。

清代知府李为栋曾在他那篇脍炙人口的《多子山慈云寺游记》末尾叮嘱后人：“（慈云寺）惟老树千章，为名山垂荫，勿剪勿伐，是所望于后来者”   。

由重庆市文化遗产研究院、九龙坡区文物管理所联合进行的慈云寺遗址考古发掘工作全面结束。此次发掘于2013年9月13日开始，至12月4日结束，历时近3个月，发掘面积达1800平方米，共发现并清理了石碑、石雕、瓦当、柱础、铜钱、佛像、佛座、陶瓷碗盆等文物（标本）逾百件，经初步鉴定，文物时代以明清遗存为主。

此次考古工作以寺庙基址为主体，出土文物年代久远、数量众多，是目前为止重庆地区规模最大、收获最丰富的一次宗教考古发掘。下一步，考古工作人员将对出土的器物（标本）进行资料整理，并组织专家对部分残损文物进行修复，为进一步研究当地的寺庙建筑与宗教习俗提供重要的学术参考资料。