完成学业后,何德章于1992年7月至1994年9月在
武汉大学历史系担任助教及讲师,并协助
唐长孺教授的工作。1995年10月至2002年9月,他在该校升任副教授,并在中国三至九世纪研究所从事教学和研究工作。1997年至1998年,何德章前往美国哈佛大学燕京学社进行为期一年的访问学习。1999年至2007年,他在武汉大学历史系担任副主任,并在2002年晋升为教授,次年开始指导博士研究生。2010年,何德章加入
天津师范大学历史文化学院,继续他的教育和研究事业。
何德章在其职业生涯中主持了多项重要科研项目,包括教育部优秀青年教师支持计划的“十六国
北朝民族融合进程与理论探讨”,以及
国家社会科学基金项目的“
南北朝迄唐安史之乱前南北文化的交流与整合”。他还参与了国家“点校本二十四史暨《
清史稿》修订工程”的工作,负责《
魏书》的部分修订。此外,何德章发表了多部著作和论文,如《中国魏晋南北朝政治史》《
中国经济通史》第三卷(魏晋南北朝卷)等,以及在《
中国史研究》《
历史研究》等期刊上发表的多篇学术文章。