在马小曼心目中，父亲马连良为人谦和，对事业兢兢业业，给了她很深的影响。平静的生活很快被文革的到来打破。1966年马连良被迫害致死，马小曼不但失去了最亲的人，她的命运也发生了改变。1968年8月，中国戏曲学校的大部分毕业生，被下放到天津部队农场接受再教育。马小曼是67届毕业生，属于“黑五类”，自然在名单之列，被分到葛沽。在农场度过了4年半，终于等到了分配的消息，马小曼被分到了
湖南省京剧院。
1978年，
马连良获得平反，马小曼被调回了
中国国家京剧院。马小曼因为个子高，上台很受限制，连跑龙套的宫女都演不了，但她热爱
京剧，师哥师姐们也常常鼓励她，她每天都练得浑身汗湿，从未想过放弃。
二十世纪九十年代，梅兰芳京剧团成立。马小曼因酷爱梅派艺术，曾被
梅兰芳认作干女儿并收为小徒弟，此时便进了梅兰芳京剧团。
梅葆玖耐心地指点她，让马小曼受益匪浅。她终于有了更多的登台机会。随着马小曼在艺术之路上进入正轨，她的个人生活也步入了明媚的春天。1996年，49岁的马小曼步入婚姻殿堂，与被誉为“
京胡圣手”的著名京胡演奏家燕守平结为伉俪。
2022年11月9日，18名学生集体拜师仪式在国家京剧院畅和园举行。拜师仪式现场，
刘习中、
寇春华、
李景德、
李欣、卜栋根、马小曼、吴建平、赵琪、秦鹰等京剧表演艺术家作为老师先后上台，接受了
刘搏、王浩、南子康、吴泽宇、张雷、谢毅、张志勇、
王好强、
朱凌宇、蔡景超、王超、
訾睿、赵辉辉、王曦、高欣等学生的拜师礼。