毕树平是南京大学的一名中青年学术骨干，同时担任博士生导师。

毕树平担任多个学术刊物的编委，包括《分析化学》《光谱学与光谱分析》《环境化学》《分析科学学报》《分析测试学报》《传感技术学报》以及《环境监测管理与技术》杂志。他还是中国化工学会的理事，以及中国环境学会环境化学专业委员会的成员。

毕树平的研究工作主要集中在“天然水中铝形态的分析和生态毒理效应研究”，这是环境化学领域的前沿课题之一。他曾主持并参与了国家自然科学基金、国家教委霍英东青年教师基金、国家教委留学回国人员基金、江苏省自然科学基金和国家重点实验室开放基金等20多个科研项目。他的研究成果丰富，在国内外核心期刊发表了180多篇学术论文，其中超过100篇被SCI收录。毕树平已经培养了8名博士、12名硕士和1名博士后。他的研究成果获得了广泛认可，其中包括1991年的国家自然科学三等奖（示波滴定），以及2001年的教育部高校青年教师奖“高校青年教师奖”。

毕树平积极参与国际学术交流与合作，曾在多个国家进行访问学者和合作研究。他与加利福尼亚大学伯克利分校劳伦斯国家实验室、德州大学奥斯汀分校化学和生物化学系以及史密森尼环境研究中心建立了长期的合作关系。这些合作不仅促进了学术交流，也为毕树平的研究提供了丰富的资源和支持。