漳州市人民政府是漳州市的国家行政机关，是漳州市人民代表大会的执行机关，对漳州市人民代表大会及其常务委员会和
福建省人民政府负责并报告工作。
1950年4月，改称漳州行政督察专员公署；9月，改称龙溪区专员公署。11月(正式公布时间为1951年6月)，设立
漳州市(
县级市)。
1955年3月，龙溪区专员公署改称龙溪专员公署。1960年2月(国务院8月批准)，龙溪、海澄两县合并成立龙海县。1967年4月，龙溪专署下辖漳州市和
龙海区、云霄、漳浦、诏安、长泰、东山、南靖、平和、华安等9个县。
1968年5月，成立
龙溪专区革命委员会。1971年1月，龙溪专区革命委员会改称龙溪地区革命委员会。1978年3月，撤销龙溪地区革命委员会，改设为龙溪地区行政公署。
1985年6月(国务院5月批准)，撤销龙溪地区行政公署，县级
漳州市升为
地级市；7月，漳州市人民政府成立，直属
福建省人民政府领导，并将原漳州市的行政区域改设为
芗城区。
全市现辖四区七县、五个开发区（投资区、高新区），即
芗城区、
龙文区、
龙海区、
长泰区、漳浦县、
云霄县、
诏安县、
东山县、
平和县、
南靖县、
华安县、漳州开发区、常山开发区、
古雷港经济开发区开发区、台商投资区、漳州高新区。共下设123个乡镇街道，2064个村（社区），其中村1556个，社区508个。
2013年中国社会科学院信息化研究中心、
国脉互联政府网站评测研究中心联合发布“2013中国政府网站绩效评估结果”，漳州市人民政府网站荣获政府透明度领先奖，同时在200个地市级政府门户网站绩效排名中位居第17名。