孙恩元，男，海城市人。

早年曾担任少帅张学良长官公署秘书。1928年夏，孙恩元在辽宁海城创办了“私立海城同泽中学”，张学良兼任董事长，孙恩元为校长。

1931年“九。一八事变”后孙恩元流亡北平市。9月27日，孙恩元与东北名流高崇民、阎宝航、杜重远、杨大光、卢广绩等共27人当选为“东北民众抗日救国会”委员，同时孙恩元担任北平东北中学董事、教务主任、校务主任等职。后东北中学迁往信阳鸡公山，孙恩元任代理校长。“西安事变”后，孙恩元被湖北省教育厅厅长解职，遂赴上海市。

“抗战”期间，孙恩元在上海海关担任海关印刷所所长，并参加地下抗日工作，开展对海关副总税务司丁贵堂的统战工作。后孙恩元和丁贵堂一起秘密离开上海。

1945年“抗战”胜利后，丁贵堂返回上海并接收海关总署。1946年，孙恩元也返回上海，担任上海海关总税务司署福利科帮办。1948年，孙恩元加入了中国共产党。

1948年期间，孙恩元帮助大批民主人士（包括黄炎培）先后离开上海经香港特别行政区进入解放区。解放后，其参加了中共海关接管小组（支部）的工作，并当选为中国人民政治协商会议第四和第五届全国委员会委员。

新中国成立后，孙恩元历任中央人民政府海关总署人事处副处长、辽宁省民革副主任委员、辽宁省政协委员等职。