朱印船，是指持有“异国渡海朱印状”，被许可前往安南、泰国、吕宋、柬埔寨等东南亚国家进行贸易活动的船只。朱印船的载重量差异很大。小的有岛津氏在中国福州买的12万斤船（480石，72吨），大的有因幡龟井氏从泰国买的80万斤船（3200石，480吨）。

庆长 9 年（ 1604 年）以后的 32 年间共有 356 船次，平均每年 11 艘。船主主要是西南大名、幕府官员、内外豪商。

关于朱印船使用船只的资料很少，从现存的几件绘画作品来看，都是中国式帆船，有的上面用一些西洋船的技术和日本传统技术进行了些改造。据资料，被雇佣在朱印船上工作的朝鲜人有这样过的叙述“因为日本船太小，不适合在大洋上航海，所以购买了可以载 180 人的戎克船，雇佣中国船长，进行航海”。这些船主要在中国和泰国购买，也有少部分是在日本建造的，没有发现象遣明船那样用国内船改造的例子。

朱印船贸易期间，日本来往于海外的人数约有 10 万人，称的上是日本的大航海时代。东南亚一些地方出现了有数百甚至上千的日本人定居，实行自治制。

朱印船一般认为是文禄元年（ 1592 年）丰臣秀吉开始的，但是近年来“德川家康说”也得到很多人认可。朱印船输入了生丝、绢织物、棉织物、毛织物等中国商品，鲨鱼皮、象牙、胡椒、水牛角、铅、药等东南亚商品。输出物主要是银、铜、铁、硫等矿物，其他还有刀剑、工艺品等。当时日本是世界上屈指可数的产银国，有相当的购买力，对英国、荷兰、西班牙等国的西方商人来说极具威胁。